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アカハライモリのmtDNA系統のうち、いくつかの系統間には核ゲノムでも明瞭な違いが見られた。分布境界では様々な程度の交雑が生じており、中国地方の交雑帯では多くの交雑個体がみられるのに対し、中部地方の交雑帯では純系集団の中にまれに交雑個体がみられることなどが明らかになった。中国地方の2系統間には、交雑帯を介した非対称な遺伝子浸透が確認され、これにより交雑帯は徐々に西に移動しつつあるものと考えられる。一方、形態的な違いが指摘されてきた北日本集団の中の東北種族と関東種族の間、九州南西部の西日本集団と南日本集団の間では、明瞭な遺伝的差異はみられず、遺伝子頻度は緩やかに変化した。
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