| 研究課題/領域番号 |
25871014
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| 研究種目 |
若手研究(B)
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| 研究機関 | 沖縄科学技術大学院大学 |
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研究代表者 |
佐瀬 英俊 沖縄科学技術大学院大学, 植物エピジェネティクスユニット, 准教授 (70510006)
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| 研究期間 (年度) |
2013-04-01 – 2015-03-31
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| キーワード | エピジェネティクス / シロイヌナズナ / DNAメチル化 / ヒストンメチル化 |
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| 研究概要 |
本研究の目的である高DNAメチル化と発生異常を示す未解析の変異株ibm4の原因遺伝子は既に同定しているIBM1と同様ヒストンH3K9脱メチル化酵素経路に関与する新規の因子であることが期待される。このibm4変異体に関して全ゲノムDNAを次世代シークエンサーでリシークエンスし、ゲノム中に存在する9000塩基以上の変異(SNP)をもとに原因遺伝子のポジショナルクローニングを行った。その結果、ibm4の原因遺伝子はIBM1遺伝子の近傍にマップされたがIBM1遺伝子自体に塩基配列の変化は認められなかった。そこで、さらにibm4のDNAメチル化状態をゲノムワイドにBS-seqにより解析したところ、IBM1遺伝子のイントロン内にある制御領域のDNAメチル化が低下していることを明らかにした。この制御領域は我々がこれまで明らかにしてきたIBM2,IBM3を介してIBM1遺伝子の発現を制御していることがわかっている。これらの結果はibm4変異は１）エピジェネティック変異である、あるいは２）IBM4はトランスにIBM1内のDNAメチル化を制御していることを示唆している。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
2: おおむね順調に進展している
理由
本研究の目的であるIBM4のポジショナルクローニングに関しては計画通り原因遺伝子を同定したが、既知の遺伝子であり、変異体で観察される表現型は連鎖していない２次変異のためと示唆された。生化学的な解析によるIBM1遺伝子に相互作用する因子の同定に関しては実験手法の困難さにもより進行が遅れている。
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| 今後の研究の推進方策 |
生化学的にIBM1に相互作用する因子の同定に関しては酵母２ハイブリッドシステムによる別手法による同定も検討している。IBM1遺伝子標的遺伝子群の解析については、既に取得しているmRNA-seqの情報から特にスプライスドナー、アクセプターのメチル化状態とmRNAの構造変化に注目し解析を行う予定である。
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| 次年度の研究費の使用計画 |
平成２５年度は遺伝学的手法を中心とした研究を行ったのに加え、試薬の購入時期に製薬会社の値引きキャンペーンの機会を利用したため、比較的高価な生化学実験を行う試薬キットを購入するために計上した物品費予算に余裕が生じた。
平成２６年度は抗体等を用いた生化学実験に注力するため、前年度に生じた物品費の繰り越し分を生化学試薬キットの購入に使用する予定である。
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