| 研究課題/領域番号 |
25871107
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| 研究機関 | 国立研究開発法人農業生物資源研究所 |
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研究代表者 |
小木曽 映里 国立研究開発法人農業生物資源研究所, ダイズゲノム育種研究ユニット, 研究員 (00646929)
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| 研究期間 (年度) |
2013-04-01 – 2017-03-31
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| キーワード | 耐塩性 / 野生種 / RADseq / QTL |
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| 研究実績の概要 |
耐塩性野生種Vigna nakashimaeのゲノム解読を行い、ドラフトゲノムを完成させ、これを参照ゲノムをして野生集団のRADseqによる多様性解析をおこない、論文を作成しようとしたところ、ゲノムシーケンスに使用したサンプルが他の野生種とサンプルが入れ違っていた可能性が示唆された。入れ違っていたと考えられるサンプルが近縁野生種であったため、多様性解析の参照配列として使用可能であったが、ゲノム解読をやりなおす必要がある。RADseqデータから多型を検出し、GWASをおこなったが、明確なQTLを検出することができなかった。しかしながら、耐塩性をもつ野生種は地理的な分布が限られており分子系統的にも近いことから、耐塩性系統がもつ特有のゲノム領域を特定した。ドラフトゲノムを再度作成し、再解析する予定である。
耐塩性野生種２種間のQTL解析により耐塩性QTLが少なくとも３つ検出された。また葉内Na+濃度を測定することで、葉のNa濃度を上げるQTLが２つ、Na濃度を下げるQTLが２つ見つかった。耐塩性野生種V.nakashimaeは葉内Na+濃度を抑えるタイプの耐塩性をもち、V.riukiuensisはNa+を葉に蓄積するタイプであることから、それぞれの野生種に由来するQTLが検出されたと考えられた。枯死まで日数のQTLとNa+濃度に関するQTLは必ずしも一致しないことから、Na輸送とは別の耐塩性機構が存在していることが示唆された。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
3: やや遅れている
理由
耐塩性野生種Vigna nakashimaeのゲノム解読を行い、ドラフトゲノムを完成させ、これを参照ゲノムをして野生集団のRADseqによる多様性解析をおこない、論文を作成しようとしたところ、ゲノムシーケンスに使用したサンプルが他の野生種とサンプルが入れ違っていた可能性が示唆された。入れ違っていたと考えられるサンプルが近縁野生種であったため、多様性解析の参照配列をして使用可能であったが、ゲノム解読をやりなおす必要がある
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| 今後の研究の推進方策 |
再度全ゲノムシーケンスを行い、V.nakashimaeのドラフトゲノムを作成する。野生種間のQTL解析は、作成途中のアズキゲノムを参照配列として使用したため、最終的に発表されたゲノム配列とは物理位置が異なるため、物理位置の修正を行い、論文を投稿する。
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| 次年度使用額が生じた理由 |
ドラフトゲノムを作成するために全ゲノムシーケンスを実施したが、サンプルの入れ違いがあることが分かり、再度シーケンスを行う必要が生じたため。
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| 次年度使用額の使用計画 |
Vigna nakashimaeの全ゲノムシーケンスを行う。またデータ保存のためにハードディスクを購入する。
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