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2015 年度 実績報告書

皮膚炎を標的とした免疫応答ダイナミクスのマルチスケールモデリング

研究課題

研究課題/領域番号 25871132
研究機関東京大学

研究代表者

中岡 慎治  東京大学, 医学(系)研究科(研究院), 助教 (30512040)

研究期間 (年度) 2013-04-01 – 2016-03-31
キーワードマルチスケール数理モデル / 確率シミュレーション / 免疫系 / アトピー性皮膚炎
研究実績の概要

皮膚炎発症と進行のダイナミクスを記述したマルチスケール数理モデルの構築を大目標として掲げ、三年間にわたってミクロ・メゾ・マクロスケール各階層における動態を記述した数理モデルの作成に取り組んでいる。初年度はメゾスコピック系 (表皮細胞間のオートクライン型サイトカイン分泌による細胞間相互作用を記述した確率モデル)の研究を進めた。

2年目は、マクロスケールを記述した数理モデル構築と確率シミュレーション研究に専念して研究を進めた。具体的には、表皮の大多数を占める細胞であるケラチノサイトを標的として、炎症反応が表皮組織レベルでどう拡大し、維持されるかに関する数理モデルを構築して解析した。黄色ブドウ球菌など、アトピー性皮膚炎発症時には個体数増大が観察される皮膚常在菌による抗原刺激を想定し、表皮におけるプロテアーゼ活性と細菌に対する免疫応答も組み込んだ数理モデルを構築・解析した。プロテアーゼ活性と免疫応答の相互作用によって、持続的な炎症反応が表皮組織レベルで維持される仕組みをまとめ、ただいま論文として投稿準備中である。

最終年度 (3年目) では、ミクロレベルでの皮膚炎関連シグナル伝達ネットワーク数理モデル構築に向けて取得可能な遺伝子発現データと、注目すべきシグナル伝達系の選定を行った。ミクロレベルのシグナル伝達ネットワーク数理モデルでは、ネットワーク上の常微分方程式を考えることになるが、変数が多くなると数値計算上の工夫が必要である。先立って、どのような数値計算スキームが適しているかを別の方程式系で検証が終わった段階 (システム制御情報学会の特集号へ和文として受理済み) である。とりわけ、セリンプロテアーゼの相互作用ネットワークに着目した数理モデルを今現在解析中であり、まとまり次第論文として投稿する。

  • 研究成果

    (11件)

すべて 2016 2015 その他

すべて 国際共同研究 (1件) 雑誌論文 (5件) (うち国際共著 2件、 査読あり 5件、 オープンアクセス 2件、 謝辞記載あり 5件) 学会発表 (5件) (うち国際学会 4件、 招待講演 3件)

  • [国際共同研究] Konkuk University/UNIST(韓国)

    • 国名
      韓国
    • 外国機関名
      Konkuk University/UNIST
  • [雑誌論文] Identifying determinants of heterogeneous transmission dynamics of the Middle East respiratory syndrome (MERS) outbreak in the Republic of Korea, 2015: A retrospective epidemiological analysis2016

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Nishiura, Akira Endo, Masaya Saitoh, Ryo Kinoshita, Ryo Ueno, Shinji Nakaoka, Yuichiro Miyamatsu, Yueping Dong, Gerardo Chowell, Kenji Mizumoto
    • 雑誌名

      BMJ Open

      巻: 6 ページ: e009936

    • DOI

      doi:10.1136/bmjopen-2015-009936

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著 / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Dynamics of HIV infection in lymphoid tissue network2016

    • 著者名/発表者名
      Shinji Nakaoka, Shingo Iwami, and Kei Sato
    • 雑誌名

      Journal of Mathematical Biology

      巻: 72 ページ: 909-938

    • DOI

      10.1007/s00285-015-0940-x

    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Mathematical modeling and analysis of combinational immune boost for tumor elimination2016

    • 著者名/発表者名
      Naoki Nakada, Mizuho Nagata, Yasuhiro Takeuchi and Shinji Nakaoka
    • 雑誌名

      AIP Conference Proceedings

      巻: 1723 ページ: 020002

    • DOI

      doi:10.1007/s13160-015-0193-5

    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Cell-to-cell infection by HIV contributes over half of virus infection2015

    • 著者名/発表者名
      Shingo Iwami, Junko S. Takeuch, Shinji Nakaoka, Fabrizio Mammano, François Clavel, Hisashi Inaba, Tomoko Kobayashi, Naoko Misawa, Kazuyuki Aihara, Yoshio Koyanagi, and Kei Sato
    • 雑誌名

      eLIFE

      巻: 4 ページ: e08150

    • DOI

      doi:10.7554/eLife.08150

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著 / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Dynamical behavior of combinational immune boost against tumor2015

    • 著者名/発表者名
      Mizuho Nagata, Yutaro Furuta, Yasuhiro Takeuchi, and Shinji Nakaoka
    • 雑誌名

      Japan Journal of Industrial and Applied Mathematics

      巻: 32 ページ: 759-770

    • DOI

      doi:10.1007/s13160-015-0193-5

    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [学会発表] Ordinary differential equations for HIV infection in lymphoid tissue network2015

    • 著者名/発表者名
      Shinji Nakaoka, Shingo Iwami, Kei Sato
    • 学会等名
      RIMS 研究集会「実領域における常微分方程式の定性的研究」
    • 発表場所
      京都大学数理解析研究所
    • 年月日
      2015-11-10
    • 招待講演
  • [学会発表] HIV infection in lymphoid tissue-blood stream network2015

    • 著者名/発表者名
      Shinji Nakaoka, Shingo Iwami, Kei Sato
    • 学会等名
      IMAID 2015 (Innovative Mathematical Modeling for the Analysis of Infectious Disease Data)
    • 発表場所
      Hokkaido University
    • 年月日
      2015-10-30
    • 国際学会
  • [学会発表] Mathematical modeling and simulation for a coupled communication system of immune cells2015

    • 著者名/発表者名
      Shinji Nakaoka
    • 学会等名
      4th IFAC Conference on Analysis and Control of Chaotic Systems
    • 発表場所
      Tokyo Metropolitan University
    • 年月日
      2015-08-26
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Dynamics of HIV infection in lymphoid tissue network2015

    • 著者名/発表者名
      Shinji Nakaoka, Shingo Iwami, Kei Sato
    • 学会等名
      2nd Virus Dynamics Workshop
    • 発表場所
      Fields Institute, Toronto, Canada
    • 年月日
      2015-07-17
    • 国際学会
  • [学会発表] Mathematical modeling and simulation of HIV infection in a lymph node network2015

    • 著者名/発表者名
      Shinji Nakaoka
    • 学会等名
      10th Colloquium on the Qualitative Theory of Differential Equations
    • 発表場所
      Bolyai Institute, Szeged, Hungary
    • 年月日
      2015-07-03
    • 国際学会 / 招待講演

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公開日: 2017-01-06   更新日: 2022-01-31  

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