| 研究課題/領域番号 |
26240034
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| 研究機関 | 京都大学 |
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研究代表者 |
阿久津 達也 京都大学, 化学研究所, 教授 (90261859)
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| 研究分担者 |
林田 守広 京都大学, 化学研究所, 助教 (40402929)
永持 仁 京都大学, 情報学研究科, 教授 (70202231)
細川 浩 京都大学, 情報学研究科, 講師 (90359779)
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| 研究期間 (年度) |
2014-04-01 – 2019-03-31
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| キーワード | カーネル法 / 特徴ベクトル / ケモインフォマティクス / グラフアルゴリズム / グラフ列挙 |
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| 研究実績の概要 |
化学構造の数え上げについては、木構造に１本の辺を加えた場合に対する効率的な列挙アルゴリズムの研究を完成させ、その成果をJournal論文として出版した。２本の辺を加えた場合についても、２種類の場合に分け研究を行っており、いずれもアルゴリズムの開発がほぼ終了し、その検証段階に入っている。３本の辺を加えた場合についても研究に着手しおり、ある種のクラスについてはアルゴリズムが完成しつつある。
一方、ベンゼン環などの特定の環構造を木に追加した場合の数え上げについても研究が進展し、動的計画法に基づくアルゴリズム、および、幅優先探索に基づくアルゴリズムの二種類の開発が進展し、ベンゼン環とナフタレン環についてはアルゴリズムを検証する段階に至った。
カーネル回帰に基づく特徴ベクトル抽出については、既存の特徴ベクトルや回帰手法の調査を行い、今後の研究の基礎となる情報を得ることができた。
代謝ネットワークの設計については遺伝子のノックアウトや付加による代謝ネットワークの改変手法について研究を行い、遺伝子ノックアウトによる複数の代謝ネットワークを同時に制御するための手法を整数計画法に基づいて開発し、その成果をJournal論文として出版した。
タンパク質配列設計に関連して、カスパーゼにより切断されるタンパク質予測システムの検証・評価のために生物学的実験を行った。その結果、既存システムの有効性を確認するとともに問題点を把握することができた。また、非コードRNAとタンパク質相互作用ネットワークの解析にも着手し、ネットワーク構造上重要と考えられる非コードRNAおよびタンパク質を選択した。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
2: おおむね順調に進展している
理由
化学構造の数え上げについてはほぼ当初の予定どおりに順調に進展している。
カーネル回帰に基づく特徴ベクトル選択については予備的な調査はほぼ完了したが、研究を十分に進展されるには至っていない。
代謝ネットワークの設計については、遺伝子ノックアウトによる複数ネットワークの制御という課題についての研究が完成し、予定以上に順調に進んだと判断できる。
タンパク質配列設計に関しては、実験系の研究分担者との共同研究が順調に進展し、生物学実験による予測結果の検証を行うことができた。さらに、ncRNAとタンパク質相互作用ネットワークの解析という新規な研究課題についての共同研究に着手することができ、予定以上に進んだと判断できる。
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| 今後の研究の推進方策 |
化学構造の数え上げについてはほぼ予定どおりに研究が進展しているので、それを継続するとともに、今年度はこれまでの成果を論文としてまとめることにも注力する。
カーネル回帰に基づく特徴ベクトル抽出については新規な手法の開発に着手できるようにする。
代謝ネットワークの設計については、遺伝子ノックアウトと遺伝子付加を組み合わせた改変手法の開発に着手したので、その開発を進める。
タンパク質配列設計に関しては、カスパーゼのターゲット・タンパク質予測と検証についての結果を論文としてまとめるべく研究を進める。ncRNAとタンパク質相互作用ネットワークの解析についても研究を進展させ、論文として成果をまとめるようにする。
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