| 研究課題/領域番号 |
26251044
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| 研究機関 | 京都大学 |
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研究代表者 |
曽田 貞滋 京都大学, 理学(系)研究科(研究院), 教授 (00192625)
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| 研究期間 (年度) |
2014-06-27 – 2018-03-31
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| キーワード | 種分化 / 適応的形態 / ゲノム配列 / QTL解析 / 遺伝的連鎖地図 / 交尾器 / 体サイズ / オサムシ |
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| 研究実績の概要 |
本研究では，体サイズと交尾器形態の多様化を鍵とするオオオサムシ亜属の種分化の遺伝的基盤の大枠をとらえるために，リファレンスゲノム配列の解読，体サイズ・交尾器形態の変異に関するQTL解析，QTL解析に用いた種・個体群のトランスクリプトーム比較とゲノム配列のリシーケンスを行い，その結果を統合して，適応的種分化の原因ゲノム領域とそこに含まれる候補原因遺伝子を特定する．また，候補遺伝子のRNA干渉実験による機能解析を行う．本年度は，次の研究を行った．（１）ドウキョウオサムシのゲノム配列決定．次世代シーケンスデータをアセンブルし，全長186Mb，scaffold N50, 1.3Mbのドラフトゲノム配列を得た．さらにゲノムアノテーション（遺伝子予測）を行った．（２）マヤサンオサムシ・イワワキオサムシ種間交雑F2個体のRADシーケンスと，それに基づく遺伝的連鎖地図作成・交尾器形態QTL解析．（３）マヤサンオサムシ・イワワキオサムシの終令幼虫・蛹の交尾器部分のmRNAのシーケンスによる種間トランスクリプトーム比較．（４）マヤサンオサムシ・イワワキオサムシ各６個体のゲノムリシーケンスと，ドウキョウオサムシのゲノム配列を参照したSNP解析．（５）ヒメオサムシの体サイズの異なる２集団間の交雑F2個体のRADシーケンスと，それに基づく遺伝的連鎖地図作成・体サイズQTL解析，（４）オオオサムシ亜属全種のRADシーケンスデータに基づく，種分化過程の推定．これらの研究事項を統合して，種分化に寄与する交尾器形態・体サイズの種間差に関係する遺伝子を探索した．とくに交尾器形態の種間差に関与する小数の候補遺伝子を決定した．
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
2: おおむね順調に進展している
理由
当初計画していた，ゲノム解読，連鎖地図作成とQTL解析，トランスクリプトーム解析をすべて行った上に，次年度に計画していたリシーケンスも行った．インフォマティクス解析も順調に進んでおり，適応分化の遺伝子探索も目途がついている．
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| 今後の研究の推進方策 |
ゲノム配列上の適応形態遺伝子の探索精度を高めて，交尾器の各部分サイズ，体の各部分のサイズの多様化に関与する遺伝子の特定を行う．交尾器の種間差をもたらす遺伝子に関しては，次年度に候補遺伝子配列を用いたRNA干渉実験に着手する．
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