| 研究課題/領域番号 |
26280105
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| 研究機関 | 京都大学 |
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研究代表者 |
五斗 進 京都大学, 化学研究所, 准教授 (40263149)
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| 研究期間 (年度) |
2014-04-01 – 2018-03-31
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| キーワード | 抗原変異 / 比較ゲノム / 遺伝子ファミリー / 進化 / 病原微生物 / バイオインフォマティクス |
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| 研究実績の概要 |
平成27年度は、平成26年度に引き続き、病原性原生生物の抗原変異遺伝子配列の収集と系統解析を進めるとともに、上流塩基配列とコドン利用頻度を解析し、発現機構の解明を目指した。
pir遺伝子ファミリーなどの抗原変異に関わる遺伝子ファミリーは、メンバーの遺伝子を一度に一つだけ発現するという特徴を持つため、ファミリーの中の遺伝子発現を制御している何らかの機構が存在しているはずである。平成26年度に収集した遺伝子ファミリーについて、本プロジェクトで開発しているvarDBと京都大学で開発されているKyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) データベースとの対応を取った。さらに、KEGGに登録されているゲノム配列情報から各遺伝子の上流配列、コード領域配列、非コード領域配列を取得した。上流塩基配列についてはMEMEプログラムを用いて共通モチーフの探索を試みたが、遺伝子タイプごとに評価する必要が有ることが判明したため、今後、系統樹解析の結果などと比較してサブファミリー毎に解析することを検討する。
コドン利用頻度解析については、今年度は進めることができなかったため、来年度引き続き検討する。一方で、新たな抗原変異遺伝子ファミリーの探索を試みた。具体的にはKEGG Ortholog Cluster (OC) データベースに登録されているマルチ遺伝子ファミリークラスタから原生生物種が単独の種または少数の種でのみパラログ遺伝子を増やしているものを抽出した。そのうち、既知の抗原変異遺伝子と類似したモチーフを持つものが見つかったため、今後はそれらの進化と機能についても解析するとともにvarDBにも反映する。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
3: やや遅れている
理由
予定していた抗原変異関連遺伝子ファミリーのデータ収集については、新たな候補遺伝子ファミリーのデータ探索という新しい方向性も含めてほぼ順調に進んだものの、超可変部位の解析と上流配列の解析については、データ整備および方法論の再検討が必要になったため、やや遅れている。
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| 今後の研究の推進方策 |
平成27年度に引き続き、病原性原生生物の抗原変異遺伝子配列の収集、可変部位を考慮した系統解析、上流塩基配列解析、コドン利用頻度解析をさらに進め、発現機構の解明を目指す。特に、サブファミリーに分割した上で再解析を進めるために、系統解析も含めて見直す。また、平成27年度に収集した機能未知のマルチ遺伝子ファミリーについても同様の方法を適用することにより機能解析を試みる。
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| 次年度使用額が生じた理由 |
雇用予定であった研究員の雇用期間が予定よりも短くなったため、人件費をすべて補助金分でカバーできた。それにより、購入予定であったPCも研究室で既に購入していたものを使用できたため、物品費も抑えることができた。その分、データ整理の作業は若干遅れることになったが、研究代表者も作業に加わりカバーした。また、論文作成に予想以上に手間取り、投稿料として予定していた予算を使用しなかった。
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| 次年度使用額の使用計画 |
平成28年度は、研究員の雇用時間を増やし、PCも1台購入する。引き続き論文投稿準備を進めるとともに、国内外での学会発表も行い、論文投稿料と学会参加費として使用する。
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