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2015 年度 実績報告書

ドメインスワッピングを利用したタンパク質の超分子化技術の開発と機能化

研究課題

研究課題/領域番号 26288080
研究機関奈良先端科学技術大学院大学

研究代表者

廣田 俊  奈良先端科学技術大学院大学, 物質創成科学研究科, 教授 (90283457)

研究期間 (年度) 2014-04-01 – 2017-03-31
キーワード蛋白質 / 超分子 / 生体分子 / ナノバイオ / 多量体 / 立体構造 / ドメインスワッピング
研究実績の概要

研究代表者らはこれまでに、好熱性水素細菌由来シトクロム (cyt) c552がエタンール添加、凍結乾燥、再溶解の操作により多量体を形成し、2量体はドメインスワッピングしていることを報告したが、3量体以上の高次多量体の形成量はウマcyt cに比べて少なかった。本研究では、cyt c552の高次多量体形成量が少ない原因が、cyt c552のヒンジループが短く、プロトマー間で立体障害が生じるためと推測し、ヒンジループ中のAla18とLys19の間にグリシン残基3つを挿入することによりヒンジループを伸長させた変異体(insG3変異体)を作製した。insG3変異体に対して野生型と同様のエタノール処理を行ったところ、高次多量体の形成量が増大した。さらに、insG3変異体には2種類の2量体が存在し、主成分の2量体ではN末端領域、副成分の2量体ではC末端領域がそれぞれプロトマー間でドメインスワッピングしていることを明らかにした。表面の疎水性を減らしたinsG3/W57K変異体を用いて多量体を作製し、透過型電子顕微鏡で観測したところ、直径7-10 nmの環状構造の像が得られた。Cyt c552を大腸菌内で発現させたところ、ドメインスワッピングによりN末端領域のαヘリックスを交換した2量体が得られ、生体内でもドメインスワッピングが起こることが示された。また、野生型cyt c552と安定性を低下させた4種類の変異型cyt c552について大腸菌内で形成される多量体量を比較したところ、タンパク質の安定性が低下するほど高次多量体の形成量が減少することが明らかとなった。また、4ヘリックスバンドル構造を有するcyt cb562がドメインスワッピングにより2量体を形成することも明らかにした。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

Cyt c552のドメインスワッピングには、N末端領域を交換する場合とC末端領域を交換する場合の2種類が存在することを明らかにし、大腸菌内でcyt c552がドメインスワッピングすることも示した。さらに、cyt cb562がドメインスワッピングにより2量体を形成することを明らかにした。これらの研究成果をそれぞれ学術論文に報告した。

今後の研究の推進方策

昨年度に引き続き、他のタンパク質の多量体形成や細胞内でのドメインスワッピング、シトクロムcとリポソームとの相互作用について調べる。最後に、本研究により得られた結果を総括する。

次年度使用額が生じた理由

大容量インキュベータ装置の故障により、試料の作製が遅れた。

次年度使用額の使用計画

大容量インキュベータ装置の購入費の一部に使用する。

  • 研究成果

    (21件)

すべて 2016 2015

すべて 雑誌論文 (3件) (うち査読あり 3件、 オープンアクセス 2件、 謝辞記載あり 3件) 学会発表 (18件) (うち国際学会 6件、 招待講演 4件)

  • [雑誌論文] Domain Swapping Oligomerization of Thermostable c-Type Cytochrome in E. coli Cells2016

    • 著者名/発表者名
      Yugo Hayashi, Masaru Yamanaka, Satoshi Nagao, Hirofumi Komori, Yoshiki Higuchi, Shun Hirota
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 6 ページ: 19334

    • DOI

      10.1038/srep19334

    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Domain-swapped Cytochrome cb562 Dimer and Its Nanocage Encapsulating a Zn-SO4 Cluster in the Internal Cavity2015

    • 著者名/発表者名
      Takaaki Miyamoto, Mai Kuribayashi, Satoshi Nagao, Yasuhito Shomura, Yoshiki Higuchi, Shun Hirota
    • 雑誌名

      Chemical Science

      巻: 6 ページ: 7336-7342

    • DOI

      10.1039/C5SC02428E

    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Oligomerization Enhancement and Two Domain Swapping Mode Detection for Thermostable Cytochrome c552 via the Elongation of the Major Hinge Loop2015

    • 著者名/発表者名
      Chunguang Ren, Satoshi Nagao, Masaru Yamanaka, Hirofumi Komori, Yasuhito Shomura, Yoshiki Higuchi, Shun Hirota
    • 雑誌名

      Molecular BioSystems

      巻: 11 ページ: 3218-3221

    • DOI

      10.1039/C5MB00545K

    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [学会発表] Characterization of the Interaction of Cytochrome c with Cardiolipin-incorporated Lipid Bicelle2016

    • 著者名/発表者名
      Hisashi Kobayashi, Satoshi Nagao, Shun Hirota
    • 学会等名
      96th Spring Conference of the Chemical Society of Japan
    • 発表場所
      Doshisha University (Kyotanabe, Kyoto)
    • 年月日
      2016-03-24 – 2016-03-27
  • [学会発表] Domain-swapped Cytochrome cb562 Dimer and Its Nanocage Encapsulating a Zn-SO4 Cluster in the Internal Cavity2016

    • 著者名/発表者名
      Takaaki Miyamoto, Mai Kuribayashi, Satoshi Nagao, Yasuhito Shomura, Yoshiki Higuchi, Shun Hirota
    • 学会等名
      96th Spring Conference of the Chemical Society of Japan
    • 発表場所
      Doshisha University (Kyotanabe, Kyoto)
    • 年月日
      2016-03-24 – 2016-03-27
  • [学会発表] ドメインスワップ構造に基づいた安定なミオグロビン二量体のデザイン2016

    • 著者名/発表者名
      須田綾香、小林紀、長尾聡、廣田俊
    • 学会等名
      日本化学会第96春季年会
    • 発表場所
      同志社大学(京都府京田辺市)
    • 年月日
      2016-03-24 – 2016-03-27
  • [学会発表] Construction of Cytochrome c' Tetramer and Its Size Control by CO Binding2016

    • 著者名/発表者名
      山中優、星住誠人、廣田俊
    • 学会等名
      日本化学会第96春季年会
    • 発表場所
      同志社大学(京都府京田辺市)
    • 年月日
      2016-03-24 – 2016-03-27
  • [学会発表] Construction of Heme Protein Oligomers by Domain Swapping2015

    • 著者名/発表者名
      Shun Hirota
    • 学会等名
      The International Chemical Congress of Pacific Basin Societies 2015 (Pacifichem 2015)
    • 発表場所
      Hilton Hawaiian Village (Honolulu, USA)
    • 年月日
      2015-12-15 – 2015-12-20
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 好熱菌シトクロムc552のドメインスワップ多量体形成2015

    • 著者名/発表者名
      林有吾、山中優、長尾聡、小森博文、樋口芳樹、廣田俊
    • 学会等名
      日本生物高分子学会2015年度大会
    • 発表場所
      香川大学(香川県高松市)
    • 年月日
      2015-09-19 – 2015-09-20
  • [学会発表] ドメインスワップ構造に基づくミオグロビン二量体のデザイン2015

    • 著者名/発表者名
      長尾聡、Ying-Wu Lin、Mohan Zhang、庄村康人、樋口芳樹、廣田俊
    • 学会等名
      第9回バイオ関連化学シンポジウム
    • 発表場所
      熊本大学(熊本県熊本市)
    • 年月日
      2015-09-10 – 2015-09-12
  • [学会発表] シトクロムcとカルジオリピン含有脂質膜の相互作用解析2015

    • 著者名/発表者名
      小林紀、長尾聡、廣田俊
    • 学会等名
      第9回バイオ関連化学シンポジウム
    • 発表場所
      熊本大学(熊本県熊本市)
    • 年月日
      2015-09-10 – 2015-09-12
  • [学会発表] ドメインスワッピングとは?:タンパク質の超分子化2015

    • 著者名/発表者名
      廣田俊
    • 学会等名
      第28回生物無機化学夏季セミナー
    • 発表場所
      山喜旅館(静岡県伊東市)
    • 年月日
      2015-08-28 – 2015-08-30
    • 招待講演
  • [学会発表] Spatio-Temporal Formation of Amyloid Aggregates by Laser Trapping of Domain-swapped Dimeric Cytochrome c2015

    • 著者名/発表者名
      Ken-ichi Yuyama, Mariko Ueda, Satoshi Nagao, Shun Hirota, Teruki Suigiyama, Hiroshi Masuhara
    • 学会等名
      Optical Trapping and Optical Micromanipulation XII, SPIE NanoScience + Engineering Conference
    • 発表場所
      San Diego Convention Center (San Diego, USA)
    • 年月日
      2015-08-09 – 2015-08-13
    • 国際学会
  • [学会発表] Formation of Cytochrome cb562 Oligomers by Domain Swapping2015

    • 著者名/発表者名
      Takaaki Miyamoto, Mai Kuribayashi, Satoshi Nagao, Yasuhito Shomura, Yoshiki Higuchi, Shun Hirota
    • 学会等名
      29th Annual Symposium of The Protein Society
    • 発表場所
      Palau de Congressos de Barcelona (Barcelona, Spain)
    • 年月日
      2015-07-24 – 2015-07-26
    • 国際学会
  • [学会発表] Construction of Dimeric Heme Proteins by Domain Swapping2015

    • 著者名/発表者名
      Shun Hirota
    • 学会等名
      17th International Conference on Biological Inorganic Chemistry (ICBIC17)
    • 発表場所
      China National Convention Center (Beijing, China)
    • 年月日
      2015-07-20 – 2015-07-24
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Cytochrome c and Myoglobin Oligomers Formed by Domain Swapping2015

    • 著者名/発表者名
      Shun Hirota
    • 学会等名
      International Symposium on Metal Complexes (ISMEC2015)
    • 発表場所
      Hotel Plaza (Wroclaw, Poland)
    • 年月日
      2015-06-24 – 2015-06-27
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Change in Structure and Ligand Binding Properties of Cytochrome c555 from Hyperthermophile by Domain Swapping2015

    • 著者名/発表者名
      山中優、長尾聡、小森博文、樋口芳樹、廣田俊
    • 学会等名
      第15回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      あわぎんホール(徳島県徳島市)
    • 年月日
      2015-06-24 – 2015-06-26
  • [学会発表] NMRによるシトクロムcとカルジオリピンの相互作用解析2015

    • 著者名/発表者名
      小林紀、長尾聡、廣田俊
    • 学会等名
      第15回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      あわぎんホール(徳島県徳島市)
    • 年月日
      2015-06-24 – 2015-06-26
  • [学会発表] Domain Swapping of c-Type Cytochromes and Myoglobin2015

    • 著者名/発表者名
      Shun Hirota, Satoshi Nagao, Masaru Yamanaka, Hirofumi Komori, Yasuhito Shomura, Yoshiki Higuchi
    • 学会等名
      "Metals in Biology" in Wako
    • 発表場所
      Riken Wako Campus (Wako, Saitama)
    • 年月日
      2015-06-16 – 2015-06-17
    • 国際学会
  • [学会発表] ドメインスワップしたシトクロムcb562の構造と性質2015

    • 著者名/発表者名
      宮本昂明、栗林麻衣、長尾聡、庄村康人、樋口芳樹、廣田俊
    • 学会等名
      第25回金属の関与する生体関連反応シンポジウム
    • 発表場所
      長崎大学(長崎県長崎市)
    • 年月日
      2015-05-30 – 2015-05-31
  • [学会発表] ドメインスワッピングを利用したシトクロムcおよびミオグロビンの多量体形成2015

    • 著者名/発表者名
      長尾聡、山中優、Ying-Wu Lin、Megha Subhash Deshpande、小森博文、庄村康人、樋口芳樹、廣田俊
    • 学会等名
      第25回金属の関与する生体関連反応シンポジウム
    • 発表場所
      長崎大学(長崎県長崎市)
    • 年月日
      2015-05-30 – 2015-05-31

URL: 

公開日: 2017-01-06  

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