• 研究課題をさがす
  • 研究者をさがす
  • KAKENの使い方
  1. 課題ページに戻る

2014 年度 実績報告書

分子量4MDaの巨大酸素運搬蛋白質ヘモシアニンの構造生物学研究

研究課題

研究課題/領域番号 26291008
研究機関北海道大学

研究代表者

田中 良和  北海道大学, 先端生命科学研究科(研究院), 准教授 (20374225)

研究分担者 姚 閔  北海道大学, 先端生命科学研究科(研究院), 教授 (40311518)
加藤 公児  北海道大学, 先端生命科学研究科(研究院), 助教 (30452428)
研究期間 (年度) 2014-04-01 – 2017-03-31
キーワードX線結晶解析 / 軟体動物 / 巨大分子 / ヘモシアニン
研究実績の概要

イカなどの軟体動物は,酸素運搬という生命活動の根幹を担う機構を,ヘモシアニンという分子量約4MDaの巨大蛋白質会合体を用いて行っている.本研究は,その大きさゆえにこれまで低分解能でしか捉えられていなかった,この巨大蛋白質会合体の立体構造をX線結晶構造解析により原子分解能で解明し,その分子機構を詳細に記述する.
平成26年度は,活きたスルメイカから採取したヘモシアニンを用いて結晶を調製し,X線回折実験を行った.また,結晶の吸収スペクトルをSPring-8 BL38B1にて測定したところ,345nm付近に大きな吸収が確認された事から,この結晶は酸素結合型の分子の結晶である事がわかった.Photon Factory BL5Aにて3.0Åの分解能のX線回折データセットを収集し,電子顕微鏡により得られている貝由来ヘモシアニンのCαモデルをサーチモデルに用いた分子置換法で構造を決定した.アミノ酸配列情報は,スルメイカゲノムからPCRにより増幅したスルメイカ遺伝子から決定した.明らかになった構造は,4MDaの10量体のヘモシアニンであり,筒状の構造をしていた.外側の壁領域と,内部のえり領域から構成されており,80個の類似した構造のFunctional unit (FU)が階層的に会合して分子全体が形成されていた.各FUは隣接するFUと分子内のFU2量体を形成し,それらが高度に会合する事で壁領域が構築されていた.一方,内部のえり領域は,分子間のFU2量体が形成されており,これらの構造的特徴から,巨大なヘモシアニンの全体が,FU2量体を構成要素として構築されている事が明らかになった.

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

平成26年度は,酸素結合型ヘモシアニンの原子構造を決定することに成功し,そのアーキテクチャーの詳細を明らかにした.また,糖鎖修飾が会合に及ぼす影響についても有用な知見を得た.以上の結果より,おおむね順調に進展していると判断した.

今後の研究の推進方策

平成27年度は,脱酸素形ヘモシアニンの結晶化・構造解析を行う.また,各FUの発現系を構築し,銅がどのように活性中心に取り込まれるのかを明らかにする.

次年度使用額が生じた理由

平成26年度に,試薬や実験器具類の購入について検討し節約に努めた結果,2,700,000円の使用残高が生じたが,これを平成27年度に実施予定であるヘモシアニンの構造解析のための消耗品購入に充てる.なお,本年度,蛋白質精製用の消耗品費として使用した255,779円(本年度内に納品完了済)の支払い処理が平成27年度以降となった.

次年度使用額の使用計画

平成27年度の研究費630万円のうち,結晶化用試薬類,蛋白質精製用カラムなどの消耗品費に315万円,大型放射光施設での回折データ収集や学会参加等の旅費として100万円,研究補助員人件費として120万円,その他,糖鎖解析や英文校正料,研究成果論文投稿料として95万円を計上する.

研究成果

(10件)

すべて 2014 その他

すべて 雑誌論文 学会発表 備考

  • [雑誌論文] Human NAT10 is an ATP-dependent RNA acetyltransferase responsible for N4-acetylcytidine formation in 18S rRNA2014

    • 著者名/発表者名
      Satoshi Ito, Sayuri Horikawa, Tateki Suzuki, Hiroki Kawauchi, Yoshikazu Tanaka, Takeo Suzuki, and Tsutomu Suzuki
    • 雑誌名

      J. Biol. Chem.

      巻: 289 ページ: 35724-35730

    • DOI

      doi: 10.1074/jbc.C114.602698.

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Molecular basis of transmembrane beta-barrel formation of staphylococcal pore-forming toxins2014

    • 著者名/発表者名
      Daichi Yamashita, Takaki Sugawara, Miyu Takeshita, Jun Kaneko, Yoshiyuki Kamio, Isao Tanaka, Yoshikazu Tanaka, and Min Yao
    • 雑誌名

      Nature Commun.

      巻: 5 ページ: 4897

    • DOI

      doi: 10.1038/ncomms5897.

    • 査読あり / オープンアクセスとしている
  • [雑誌論文] Structural and genomic DNA analysis of the putative TetR transcriptional repressor SCO7518 from Streptomyces coelicolor A3(2)2014

    • 著者名/発表者名
      Takeshi Hayashi, Yoshikazu Tanaka, Naoki Sakai, Ui Okada, Min Yao, Nobuhisa Watanabe, Tomohiro Tamura, and Isao Tanaka
    • 雑誌名

      FEBS Letters

      巻: 588 ページ: 4311-4318

    • DOI

      doi: 10.1016/j.febslet.2014.09.037.

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Anchoring protein crystals to mounting loops with hydrogel using inkjet technology2014

    • 著者名/発表者名
      Akira Shinoda, Yoshikazu Tanaka, Min Yao and Isao Tanaka
    • 雑誌名

      Acta Cryst. D

      巻: D70 ページ: 2794-2799

    • DOI

      doi: 10.1107/S139900471401476X.

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Nucleoid compaction by MrgAAsp56Ala/Glu60Ala does not contribute to staphylococcal cell survival against oxidative stress and phagocytic killing by macrophage2014

    • 著者名/発表者名
      Yuri Ushijima, Ryosuke L. Ohniwa, Atsushi Maruyama, Shinji Saito, Yoshikazu Tanaka, and Kazuya Morikawa
    • 雑誌名

      FEMS Microbiol. Letters

      巻: 360 ページ: 144-151

    • DOI

      doi: 10.1111/1574-6968.12598.

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Crystallization and preliminary X-ray crystallographic analysis of a bacterial Asn-transamidosome.2014

    • 著者名/発表者名
      Tateki Suzuki, Keitaro Yamashita, Yoshikazu Tanaka, Isao Tanaka, and Min Yao
    • 雑誌名

      Acta Cryst. F

      巻: F70 ページ: 790-793

    • DOI

      doi: 10.1107/S2053230X14007274.

    • 査読あり
  • [学会発表] 分子量4MDaの細胞外酸素運搬体ヘモシアニンの解離-再会合2014

    • 著者名/発表者名
      加藤早苗,Md. Rafiqul Islam Khan,吉岡武也,信太茂春,岸村栄毅,清水健志,田中良和
    • 学会等名
      第87回 日本生化学会大会
    • 発表場所
      国立京都国際会館(京都市)
    • 年月日
      2014-10-15 – 2014-10-18
  • [学会発表] 黄色ブドウ球菌由来α-ヘモリジン単量体の結晶構造2014

    • 著者名/発表者名
      菅原宇希,山下大智,田中良和,金子淳,神尾好是,田中勲,姚閔
    • 学会等名
      第52回 日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      札幌コンベンションセンター(札幌市)
    • 年月日
      2014-09-25 – 2014-09-27
  • [学会発表] 結晶構造解析により明らかになった黄色ブドウ球菌由来膜孔形成毒素の分子機構2014

    • 著者名/発表者名
      田中良和,山下大智,菅原宇希,金子淳,神尾好是,田中勲,姚閔
    • 学会等名
      第61回 トキシンシンポジウム
    • 発表場所
      ルネッサンスリゾートナルト(鳴門市)
    • 年月日
      2014-09-03 – 2014-09-05
  • [備考] 北海道大学 X線構造生物学研究室 ホームページ

    • URL

      http://altair.sci.hokudai.ac.jp/g6/

URL: 

公開日: 2016-06-01  

サービス概要 検索マニュアル よくある質問 お知らせ 利用規程 科研費による研究の帰属

Powered by NII kakenhi