| 研究課題/領域番号 |
26291018
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| 研究機関 | 東京大学 |
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研究代表者 |
太田 邦史 東京大学, 総合文化研究科, 教授 (90211789)
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| 研究分担者 |
坪井 貴司 東京大学, 総合文化研究科, 准教授 (80415231)
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| 研究期間 (年度) |
2014-04-01 – 2017-03-31
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| キーワード | ノンコーディングRNA / lncRNA / クロマチン / 転写制御 / ストレス応答 |
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| 研究実績の概要 |
ヒトゲノムの大半を占める領域から合成される長鎖非コードRNA(lncRNA)について、申請者らが見出した代謝ストレス応答性lncRNA(mlonRNA)、およびそれに付随するアンチセンスRNA(asRNA)の機能を、分裂酵母や哺乳類細胞を用いて解析した。
① グルコース飢餓時の分裂酵母を用いて、修飾ヒストンを認識する抗体によるChIP-Seq実験を行い、ヒストン密度や修飾パターンの全ゲノム解析を行った。また、センス鎖lncRNAを介した遺伝子発現のポジティブ・フィードバック制御の機構として、lncRNAとAtf1やTup11、Tup12などとの相互作用を解析し、mlonRNAとTup11、Tup12が結合することを明らかにした(Takemata et al., NAR, 2016)。
② ゲノムワイド解析で同定したmlonRNA様センス鎖lncRNAのリボソーム結合を解析し、これら因子のリボゾーム結合を示唆する結果を得た。また、グルコース飢餓応答が誘導された分裂酵母を、再度グルコース豊富な培地に導入した際に見られるfbp1mRNAの急速な消失が、アンチセンスlncRNAやダイサーなどを介して促進されることを示した。また、上記lncRNAに関して視覚化プローブをデザインし、一分子RNA FISHを実施して検出に成功した。
③ 低グルコースや低グルタミン条件下に暴露したマウス膵β細胞株MIN6等を用いて、発現誘導される遺伝子やlncRNAの探索を行い、複数の候補遺伝子群を同定した。とくに、グルタミン飢餓処理を行ったMIN6では一群のアポトーシス系遺伝子が活性化されることを、qRT-PCRによる定量的解析で明らかにした。また、グルコース飢餓処理後のマウス膵島初代培養細胞における既存の転写物解析データを用いて、mlonRNA様lncRNAを複数同定した。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
2: おおむね順調に進展している
理由
分裂酵母の解析は順調に進んでおり、論文発表を行った。マウス細胞の解析に関しても、当初目的としていた類縁lncRNAの同定に目処が付きつつある。
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| 今後の研究の推進方策 |
H28年度は最終年度ということもあり、これまでの研究を取りまとめ、論文等での発表を積極的に行う。なお、エキソソーム内のlncRNAは安定的な同定が困難であることが明らかになったため、この項目の研究を中止した。
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| 次年度使用額が生じた理由 |
次世代シーケンサーによる解析の一部を最終年度に集中して行うことにしたため
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| 次年度使用額の使用計画 |
次年度の前半に20サンプルの解析を行う予定
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