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2017 年度 実績報告書

マウス胚ノードにおける初期左右軸形成の分子機構の解析

研究課題

研究課題/領域番号 26291051
研究機関九州大学

研究代表者

目野 主税  九州大学, 医学研究院, 教授 (20311764)

研究期間 (年度) 2014-04-01 – 2018-03-31
キーワード遺伝子発現 / ChIP-seq / データーベース / 胚発生
研究実績の概要

マウス初期胚のノード辺縁で発現する左右軸関連遺伝子は胚体制を制御するシステムと関連し、例えば、Wnt3aは胚後方で持続発現することで体節形成、左右軸形成、体軸伸長を制御する。本年度は、胚体制と左右軸の連携についての知見を得るため、Wnt3a発現のエンハンサー領域を解析すると共にChIP-Atlasの更新とその活用を図った。
・ChIP-seqデータは研究者によってSequence Read Archivesの形式で随時、公共データベースに登録される。ChIP-Atlasに集録された情報を最新に保つため、定期的にすべての新規登録SRAを取得し、これを適切に処理してChIP-Atlasに組み込んだ。このような地道な更新の結果、ChIP-Atlasは既に1800人以上の利用者による月5万ページ以上の閲覧があり、ChIP-Atlasを活用した論文も発表されるようになった。有用なデータベースとして、ChIP-Atlasは世界的な信頼を獲得したと考えられる。
・Wnt3aの様々なゲノム断片をレポーター遺伝子LacZと連結したコンストラクトを作成し、受精卵にインジェクションした後に雌マウスに卵管移植することで発生させた。E8.5における胚後方のX-gal染色でエンハンサー活性を評価し、エンハンサー活性を保有するゲノム断片を得た。この断片を欠失させ突然変異を導入することで、エンハンサー活性を担う配列を同定することができた。Wnt3aエンハンサーをChIP-Atlasで解析したところ、胚後方で発現する転写因子の結合は既存のデータには含まれておらず、この配列のウェットによる更なる解析と共にChIP-Atlasの持続的な更新の必要性が確認された。

現在までの達成度 (段落)

29年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

29年度が最終年度であるため、記入しない。

  • 研究成果

    (4件)

すべて 2018 2017 その他

すべて 雑誌論文 (1件) (うち査読あり 1件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (2件) (うち国際学会 2件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Chd2 regulates chromatin for proper gene expression toward differentiation in mouse embryonic stem cells2017

    • 著者名/発表者名
      Semba Y, Harada A, Maehara K, Oki S, Meno C, Ueda J, Yamagata K, Suzuki A, Onimaru M, Nogami J, Okada S, Akashi K, Ohkawa Y
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Res.

      巻: 45 ページ: 8758-8772

    • DOI

      10.1093/nar/gkx475

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] Integrative analysis of transcription factor occupancy at enhancers and disease risk loci in noncoding genomic regions2018

    • 著者名/発表者名
      Shinya Oki, Tazro Ohta, Go Shioi, Hideki Hatanaka, Osamu Ogasawara, Yoshihiro Okuda, Hideya Kawaji, Ryo Nakaki, Jun Sese, Chikara Meno
    • 学会等名
      Keystone Symposium; Gene Control in Development and Disease
    • 国際学会
  • [学会発表] Integrative analysis of transcription factor occupancy at enhancers and disease risk loci in noncoding genomic regions2017

    • 著者名/発表者名
      Shinya Oki, Tazro Ohta, Go Shioi, Hideki Hatanaka, Osamu Ogasawara, Yoshihiro Okuda, Hideya Kawaji, Ryo Nakaki, Jun Sese, Chikara Meno
    • 学会等名
      50th Annual Meeting of the Japanese Society of Developmental Biologists
    • 国際学会
  • [備考] ChIP-Atlas

    • URL

      http://chip-atlas.org

URL: 

公開日: 2018-12-17  

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