研究課題
マウス初期胚のノード辺縁で発現する左右軸関連遺伝子は胚体制を制御するシステムと関連し、例えば、Wnt3aは胚後方で持続発現することで体節形成、左右軸形成、体軸伸長を制御する。本年度は、胚体制と左右軸の連携についての知見を得るため、Wnt3a発現のエンハンサー領域を解析すると共にChIP-Atlasの更新とその活用を図った。・ChIP-seqデータは研究者によってSequence Read Archivesの形式で随時、公共データベースに登録される。ChIP-Atlasに集録された情報を最新に保つため、定期的にすべての新規登録SRAを取得し、これを適切に処理してChIP-Atlasに組み込んだ。このような地道な更新の結果、ChIP-Atlasは既に1800人以上の利用者による月5万ページ以上の閲覧があり、ChIP-Atlasを活用した論文も発表されるようになった。有用なデータベースとして、ChIP-Atlasは世界的な信頼を獲得したと考えられる。・Wnt3aの様々なゲノム断片をレポーター遺伝子LacZと連結したコンストラクトを作成し、受精卵にインジェクションした後に雌マウスに卵管移植することで発生させた。E8.5における胚後方のX-gal染色でエンハンサー活性を評価し、エンハンサー活性を保有するゲノム断片を得た。この断片を欠失させ突然変異を導入することで、エンハンサー活性を担う配列を同定することができた。Wnt3aエンハンサーをChIP-Atlasで解析したところ、胚後方で発現する転写因子の結合は既存のデータには含まれておらず、この配列のウェットによる更なる解析と共にChIP-Atlasの持続的な更新の必要性が確認された。
29年度が最終年度であるため、記入しない。
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Nucleic Acids Res.
巻: 45 ページ: 8758-8772
10.1093/nar/gkx475
http://chip-atlas.org
