| 研究課題/領域番号 |
26293142
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| 研究機関 | 長崎大学 |
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研究代表者 |
光武 範吏 長崎大学, 原爆後障害医療研究所, 准教授 (50404215)
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| 研究分担者 |
サエンコ ウラジミール 長崎大学, 原爆後障害医療研究所, 准教授 (30343346)
荻 朋男 名古屋大学, 環境医学研究所, 教授 (80508317)
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| 研究期間 (年度) |
2014-04-01 – 2019-03-31
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| キーワード | 甲状腺癌 |
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| 研究実績の概要 |
これまでに次世代シークエンシングを行った56例のチェルノブイリ甲状腺癌症例、55例のコントロール（癌症例と同様に汚染地域に住んでいた同年齢の人々、癌の発症なし）のエクソームデータ、20例の甲状腺癌症例、10例のコントロールの全ゲノムデータについての解析を引き続き行った。
全ゲノム解析用のパイプラインは、エクソーム用を改変し、解析時間を短縮させるため、圧縮・解凍を一部行わないような設定としたが、基本的には同様のステップで行った。
本年度は、網羅的な解析を、common variantとrare variantに分けて行った。まず、12万のcommon variantについて解析を行ったが、これについては1000人ゲノムデータのヨーロッパ人をコントロールとして加えた。ロジスティック回帰解析で、deleterious mutation、p値が10E-5オーダー（最小9.3E-06）の変異を3つ同定できた。ただ、12万のvariantとはいえ、genome-wide significanceには到達できず、また得られた遺伝子について、機能的にも意味づけは難しそうである。
次に、rare variantについては、deleterious mutationについて、遺伝子ごとに変異を集積し、遺伝子長などを考慮に入れる解析を行った。p値が10E-3オーダー以下（最小9.1E-04）の遺伝子が8個確認され、その中で症例群に多いものが4つあった。その中で、腫瘍組織においてアポトーシスを制御している遺伝子もあり、興味深いものも見られている。
その他、遺伝子の機能を考慮する手法は、既存のgene setでGSEA解析を行ってみたが、優位な結果は得られなかった。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
4: 遅れている
理由
いくつかの候補遺伝子は挙がってきたものの、あまり決定的なものは無く、想定していた責任遺伝子群を同定できておらず、機能解析まで行うことができなかった。しかし、利用するデータベースの拡充、全ゲノム解析等により、解析能力は向上させることが出来ている。
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| 今後の研究の推進方策 |
エクソン部位以外のゲノムデータベースの活用、機能関連データベースの活用、構造異常検出ツールの導入を引き続き進め、解析精度を向上させる。
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| 次年度使用額が生じた理由 |
機能解析まで研究が進まなかったことによる。次年度は候補遺伝子群の同定を目指して、解析症例の追加、新たな解析手法の導入のための研究打ち合わせ、学会・研究会参加を行っていく計画である。
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