| 研究課題/領域番号 |
26293365
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| 研究機関 | 国立研究開発法人国立成育医療研究センター |
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研究代表者 |
秦 健一郎 国立研究開発法人国立成育医療研究センター, その他部局等, その他 (60360335)
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| 研究期間 (年度) |
2014-04-01 – 2017-03-31
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| キーワード | DNAメチル化 |
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| 研究実績の概要 |
初年度に行ったマイクロアレイ技術を用いた網羅的DNAメチル化は、主にプロモーター領域を中心としてプローブが設定されている。一方で、医原性に起こり得るDNAメチル化異常（変化）は、プロモーター領域に限定せず、ランダムに起こることが予想される。また、遺伝子発現に影響を与えない領域のDNAメチル化変化はむしろ、流産等の発生異常で淘汰されることなく、検出しやすいことが期待される。そこで、マイクロアレイ技術を用いた網羅的DNAメチル化解析を補完するために、Reduced Representation Bisulfite Sequencing（RRBS）法を用いた全ゲノム網羅的DNAメチル化解析手技を確立する。なるだけ広範なゲノム領域を、また、プロモーター以外の領域をスクリーニングするには、バイサルファイトシークエンス法と次世代シークエンサーを組み合わせた全ゲノム領域のDNAメチル化解析が望ましいが、高コストのため多数検体の解析が困難である。その点RRBS法は、制限酵素処理によりCpGアイランド領域を濃縮するため、全ゲノムバイサルファイトシークエンスと比較すると低コストで、全ゲノム領域のDNAメチル化解析を行うことができる。今年度は、マウス初期胚を用い、培養条件を変化させた際のDNAメチル化変化の有無を詳細に解析するため、RRBS法による全ゲノム領域網羅的DNAメチル化シークエンスを行った。現在その詳細を解析中である。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
2: おおむね順調に進展している
理由
ヒトのジェネティックな多様性とエピジェネティックな多様性を考慮したエピゲノム異常の同定法は確立でき、当初のミニマムの目標は達成できた。今後はより高解像度の解析に挑む。
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| 今後の研究の推進方策 |
本年度（～平成２９年３月３１日)の研究実施計画
昨年度までに、群間比較で同定できないようなエピジェネティックな異常を、郡内の外れ値検定（≒ゆらぎ、不安定性）を検出することで評価する測定系を確立した。本年度は特に、すでに次世代シークエンサーで全ゲノム網羅的DNAメチル化解析を行ったデータを利用し、モデル生物初期胚の培養条件に起因するエピジェネティックな変化の候補領域を、高解像度に同定する。
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| 次年度使用額が生じた理由 |
使用を予定していた解析試薬等が新規設計のものに変更されたため、いったん解析を中断し、これまで取得したデータとの整合性が取れるかどうかを十分に検証後に、新規設計のものを使用するかどうかを決定する必要が生じたため。
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| 次年度使用額の使用計画 |
すでに取得済みのデータと、新規設計の試薬とのデータ整合性は概ね良好で、本研究計画に重篤な影響を与えないと判断したため、今後は新たな解析手技に適した体制に変更を進めていく。
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