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2017 年度 実績報告書

生命科学分野の多様なビッグデータからの能率的知識発見手法の開発

研究課題

研究課題/領域番号 26330334
研究機関長浜バイオ大学

研究代表者

池村 淑道  長浜バイオ大学, バイオサイエンス学部, 客員教授 (50025475)

研究分担者 和田 健之介  長浜バイオ大学, バイオサイエンス学部, 教授 (90231026)
研究期間 (年度) 2014-04-01 – 2018-03-31
キーワード人工知能 / 自己組織化マップ / インフルエンザウイルス / エボラウイルス / オリゴヌクレオチド組成 / 核酸医薬 / オリゴヌクレオチド医薬 / 感染症RNAウイルス
研究実績の概要

生命科学分野には多様なビッグデータが集積しており、そこからの能率的な知識発見には、高機能計算機(HPC)を活用した、人工知能(AI)による研究開発が適している。我々のグループが開発してきた、オリゴヌクレオチド組成に着目したBLSOM(一括学習型自己組織化マップ)はゲノム解析に適しており、教師なし機械学習であることから、想定外の新知識発見を可能にする。
前年度までの研究で、インフルエンザやエボラウイルスのような人類に多大な影響を与えている感染症RNAウイルスゲノムを対象にしたAIを用いた解析で、時系列的に方向性や再現性のあるオリゴヌクレオチド組成の変化を見出した。最終年度ではこれらの基礎的な成果を応用して、進化速度の極めて高いRNAウイルスについて、効果が持続すると期待できる核酸医薬(オリゴヌクレオチド医薬)をデザインする手法を開発し、具体的なオリゴヌクレオチド配列の例を含めて論文発表を行った:Gene Therapy volume 24, 668-673 (2017)。
時系列的に方向性や再現性のある変化を生む要因は、ウイルスの増殖に多様な宿主因子が関与することにあるが、インフルエンザウイルスについてのAIを活用した解析により、宿主動物のmiRNAの関与する例を推定できた。これについては、学会での口頭発表を行った段階で、論文発表を準備している。また、高等動物ゲノムのタンパク質非コード領域のAIを用いた機能推定の研究成果は、学会での口頭発表を行った段階で、論文発表を準備している。

  • 研究成果

    (6件)

すべて 2018 2017

すべて 雑誌論文 (1件) (うち査読あり 1件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (5件)

  • [雑誌論文] Time-series oligonucleotide count to assign antiviral siRNAs with long utility fit in the big data era2017

    • 著者名/発表者名
      K. Wada, Y. Wada, Y. Iwasaki, T.Ikemura
    • 雑誌名

      Gene Therapy

      巻: 24 ページ: 668-673

    • DOI

      10.1038/gt.2017.76

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] AI が明らかにした病原性 RNA ウイルスゲノムの方向性と再現性のある変化と薬効性の失われ難い核酸医薬設計2018

    • 著者名/発表者名
      池村淑道 、和田健之介 、和田佳子、岩崎裕貴
    • 学会等名
      第12回日本ゲノム微生物学会年会
  • [学会発表] 自己圧縮 BLSOM (SC-BLSOM)を用いた連続塩基組成に基づくメタゲノム解析法の確立2018

    • 著者名/発表者名
      小川優太、 池村 淑道 、阿部 貴志
    • 学会等名
      第12回日本ゲノム微生物学会年会
  • [学会発表] AIに導かれた病原性RNAウイルスの分子進化研究2017

    • 著者名/発表者名
      和田健之介、和田佳子、岩崎裕貴、池村淑道
    • 学会等名
      日本進化学会 第19回大会
  • [学会発表] TFIIICを基礎とした転写因子群の特徴抽出及びinsulator活性を含む遺伝子発現調節機構メカニズム2017

    • 著者名/発表者名
      岩﨑裕貴、池村淑道、黒川顕、 岡田典弘
    • 学会等名
      日本進化学会 第19回大会
  • [学会発表] SINE領域によるクロマチンの高次構造の構築による遺伝子発現調節機構2017

    • 著者名/発表者名
      岩﨑裕貴、池村淑道、黒川顕、 岡田典弘
    • 学会等名
      日本進化学会 第19回大会

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公開日: 2018-12-17  

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