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2014 年度 実施状況報告書

反応拡散系パターンの自己組織化機構を用いたメッシュ生成法の発展

研究課題

研究課題/領域番号 26400213
研究機関明治大学

研究代表者

上山 大信  明治大学, 公私立大学の部局等, 教授 (20304389)

研究期間 (年度) 2014-04-01 – 2017-03-31
キーワード反応拡散系 / メッシュ生成 / パターン形成 / 偏微分方程式 / 数値解析 / 国際研究者交流
研究実績の概要

本年度は、第一にGray-Scottモデルに現れるスポットパターンの3次元空間におけるダイナミクスに関してシミュレーションをベースとした研究を行う為のシミュレーション設備の構築を行った。当初の予定では、GPGPUベースのシミュレーション環境の構築を目指していたが、予算の関係からマルチコアCPUを搭載したワークステーションによってその代替とすることにした。結果として、利用できるアルゴリズムは、OpenMPをベースとした並列アルゴリズムとなり、当初の予定から若干の方向性の転換が必要となっている。本年度は、本研究で必要となるパラメータサーチを行う事を最優先とし、系統的なシミュレーションを行う準備を中心に行った。本研究で必要とされる数値計算スキームは、偏微分方程式を精度良く計算するものではなく、計算コストを抑えつつ偏微分方程式の解が持つ自己組織的パターン形成機構を保存する数値計算スキームである。このような観点から数値計算スキームを考察することは、現在において通常なされないため、新たなアイデアと試行錯誤が必要である。最終的には、上記計算スキームを中心に据えたメッシュ生成システムを構築する目的から、パラメータサーチにおいても計算量の少ない計算スキームを用いる必要がある。本年度は、そのような観点から、空間メッシュが極端に粗いシミュレーションにおいて、自己複製メカニズムが消失しないスキームの開発を検討した。しかしながら、一つのスポットと、その性質を維持するには最低7x7x7程度のメッシュが必要であり、さらなる検討が必要である。同様に、近年発達の目覚ましい並列計算に適応した計算アルゴリズムの開発を行っている。先述したように、当初はGPGPUを前提としたアルゴリズムを検討していたが、OpenMPを用いたものへの変更を行っている。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

当初予定していたGPGPU技術を用いた開発からOpenMPを用いた計画に変更が必要となったため、アルゴリズムの見直しが生じた。しかしながら、どちらも並列計算をベースとした技術であり、相似点も多いことから、パラメータサーチに取りかかるタイミングが遅れていいるが、全体としておおむね順調に進展していると考えている。

今後の研究の推進方策

現在の所、アルゴリズムの見直しによって、少しばかり進展が遅れている点と、計算機のパワーが当初予定していたものよりも低い事から、効率的なパラメータサーチ、より効率的なアルゴリズムの開発が必要となると考えられる。

次年度使用額が生じた理由

当初の計画で購入すべきGPGPUシミュレーション設備を購入するには予算が足りなかったため、異なるアーキテクチャのシミュレーション設備を購入した。その際、次年度以降に、さらにシミュレーション環境を増強する事を念頭にマルチコアCPUをベースとしたワークステーションとして、比較的安価なものを購入した為。

次年度使用額の使用計画

本計画にある、メッシュ生成に加えて、出来上がったメッシュを用いた検証シミュレーションを行う為のシミュレーションを行う必要から、本年度購入したシミュレーション環境の増強を計画している。また、海外での講演等を積極的に行い、実際的なニーズを検証する。

  • 研究成果

    (5件)

すべて 2014

すべて 雑誌論文 (3件) (うち査読あり 3件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (2件) (うち招待講演 2件)

  • [雑誌論文] The Advantage of Mucus for Adhesive Locomotion in Gastropods2014

    • 著者名/発表者名
      Mayuko Iwamoto, Daishin Ueyama, and Ryo Kobayashi
    • 雑誌名

      Journal of Theoretical Biology

      巻: 353 ページ: 133-141

    • DOI

      10.1016/j.jtbi.2014.02.024

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Maze Solving using Fatty Acid Chemistry2014

    • 著者名/発表者名
      Kohta Suzuno , Daishin Ueyama , Michal Branicki , Rita Toth , Artur Braun , and Istvan Lagzi
    • 雑誌名

      Langmuir

      巻: 30 ページ: 9251-9255

    • DOI

      10.1021/la5018467

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Spontaneous Formation of Unidirectional Path2014

    • 著者名/発表者名
      Mayuko Iwamoto, Nobuhiko J Suematsu, and Daishin Ueyama
    • 雑誌名

      Chemical Physics Letters

      巻: 616-617 ページ: 248-253

    • DOI

      10.1016/j.cplett.2014.10.010

    • 査読あり
  • [学会発表] Waves and Functions2014

    • 著者名/発表者名
      Daishin Ueyama
    • 学会等名
      Oscillation and Dynamic Instabilities in Chemical Systems, Gordon Research Conference
    • 発表場所
      Melia Golf Vichy Catalan Business and Convention Center Girona, Spain
    • 年月日
      2014-07-13 – 2014-07-18
    • 招待講演
  • [学会発表] A self-organized mesh generator using pattern formation in a reaction- diffusion system2014

    • 著者名/発表者名
      Daishin Ueyama
    • 学会等名
      Miniworkshop on mathematical biology
    • 発表場所
      パリ南大学
    • 年月日
      2014-06-06 – 2014-06-06
    • 招待講演

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公開日: 2016-05-27  

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