| 研究課題/領域番号 |
26430199
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| 研究機関 | 前橋工科大学 |
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研究代表者 |
中村 建介 前橋工科大学, 工学部, 教授 (20212095)
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| 研究期間 (年度) |
2014-04-01 – 2017-03-31
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| キーワード | 次世代シーケンサー / 微生物ゲノム / ChIP-seq / バイオインフォマティクス / 転写因子 |
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| 研究実績の概要 |
奈良先端科学技術大学院大学との共同研究により、ChIP-seqを高精度化した実験手法Gef-seqの計算機解析のプログラム開発を進めている。この成果については、2015年３月の第９回ゲノム微生物学会で「Gef-seqに対応したマッピングプログラムおよびGUIの開発」として発表した他、羊土社より刊行された「実験医学別冊・次世代シークエンス解析スタンダード・NGSのポテンシャルを活かしきるWET&DRY」の一節「高精度で結合領域を決定する」の一部を執筆した。公開しているシーケンサーデータ解析プログラムmapsについて、使いやすさを向上させるためのコードの整理とGUIの開発をすすめている。また、454、PacBio、nanoporeなどイルミナ以外のプラットフォームについての解析を進めるためのプログラム開発を行っている。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
3: やや遅れている
理由
共同研究によるGef-seq解析は順調に進んているが、独自に行っているプログラムmapsの開発・整理が思ったほどには進んでいない。
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| 今後の研究の推進方策 |
開発しているシーケンサーデータ解析プログラム maps について、使いやすく整理したものをソースコードで公開し、その時点でプログラムに関する論文を上梓したい。
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| 次年度使用額が生じた理由 |
初年度に購入を予定していた大容量記憶装置の価格が変動し、購入予定金額が不足したため、２年目に購入することとした。
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| 次年度使用額の使用計画 |
大容量記憶装置を購入する。
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