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2017 年度 研究成果報告書

未知ゲノムの解読:ドラフトレベルのアセンブリ配列を改築するシステムの開発

研究課題

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研究課題/領域番号 26430200
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
研究分野 システムゲノム科学
研究機関国立研究開発法人理化学研究所 (2015-2017)
公益財団法人かずさDNA研究所 (2014)

研究代表者

小杉 俊一  国立研究開発法人理化学研究所, 統合生命医科学研究センター, 研究員 (30365457)

研究期間 (年度) 2014-04-01 – 2018-03-31
キーワードアセンブリ / ゲノム
研究成果の概要

本研究で取得したイネデータ(イルミナショートリード、PacBioロングリード)を含めた全ゲノムシークエンスリードを用いて、酵母、線虫、イネのゲノムアセンブリを構築し、そのエラー特性等の統計値を計測した。コンティグやリードのアライメント特性についての真・偽アライメント間の尤度比を利用することにより、アセンブリ中のギャップ領域を高精度で修復するツール(GMcloser)を開発した。そのほかにアセンブリ中のミスアセンブリを計測するツール(GMvalue)やアセンブリを伸張・再アセンブルするツール(Exterm)の開発を行った。

自由記述の分野

ゲノム科学

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公開日: 2019-03-29  

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