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2017 年度 実績報告書

新生マイクロRNAの遺伝子制御網への組み込み過程の分子進化

研究課題

研究課題/領域番号 26440197
研究機関香川大学

研究代表者

岩間 久和  香川大学, 総合生命科学研究センター, 准教授 (20398035)

研究期間 (年度) 2014-04-01 – 2018-03-31
キーワードマイクロRNA / 哺乳類
研究実績の概要

ヒトの網羅的マイクロRNA発現情報、タンパクコード遺伝子発現情報、及びヒト・マイクロRNAの進化的な新生時期の情報を用いて、前年度までに得られた解析結果より以下4点が明らかになった。その結果を本研究年度5月にジャーナルを変更して投稿した。その4点は、 ― (i) マイクロRNAの中程度発現遺伝子へのターゲッティング好性、(ii) マイクロRNAの高発現遺伝子へのターゲッティング忌避、(iii) マイクロRNAのターゲッティング特性(好性/忌避)の進化過程での確立、(iv) マイクロRNA以外の制御にマスクされる程度のターゲット遺伝子発現に対する弱抑制効果 ― である。
査読コメントに従い、前年度までに得られた知見が、異なる種やデータセットでも成り立つかを検証するために、次の5点について本研究のすべての過程について再解析を行った。それらは、 ― (1)ヒト以外の種でデータの整備されているマウスゲノム/遺伝子発現データも用いる、(2)マイクロRNAの基本情報であるmiRBaseについて、最新のRelease 21のデータを用いる、(3)3′ UTR情報をゲノムデータベースEnsembl Release 69から89にアップデートして用いる、(4)マイクロRNAターゲット予測プログラムとして最新のTargetScan version 7.01を用いる、(5)マイクロRNA発現についてRNA-seqによるデータセットのみならず、マイクロアレイによるデータセットも用いる ― である。
その結果、知見(i)~(iv)は、種を越えてマウスでも成立し、データセットと予測プログラムのアップデートによっても同様に再現された。また、異なるプラットホームによるデータを用いても知見(i)~(iv)すべてが再現された。これらの結果を追加して改訂稿を投稿し、査読審査を経て受理された。

  • 研究成果

    (1件)

すべて 2018

すべて 雑誌論文 (1件) (うち査読あり 1件、 オープンアクセス 1件)

  • [雑誌論文] Human microRNAs preferentially target genes with intermediate levels of expression and its formation by mammalian evolution2018

    • 著者名/発表者名
      Iwama Hisakazu、Kato Kiyohito、Imachi Hitomi、Murao Koji、Masaki Tsutomu
    • 雑誌名

      PLOS ONE

      巻: 13 ページ: e0198142

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0198142

    • 査読あり / オープンアクセス

URL: 

公開日: 2018-12-17  

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