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本研究の目的は，照葉樹林の中で比較的耐寒性のあるカシ類の歴史的変遷を追跡することである。植物で使えるDNA多型情報は，分子進化速度が遅いため種内変異量が少なく，分布変動を追跡するマーカーとして十分ではなかった。本研究では，近年の遺伝子解析技術の発展によって低コストで使えるようになった次世代シーケンサーも活用し，これまで行われてきた少数遺伝子座を対象としたDNA多型解析からは推定できなかったような過去数千年単位の分布変遷や集団動態の変遷を読み取る。また，カシ林の優占樹種とそれに密接にかかわって生活している昆虫などについても遺伝解析を行い，遺伝的変異の地理的パターンや遺伝的多様性を種群間で比較・統合し，カシ林の生態系ネットワークの成立過程を解明する。カシ類（コナラ属アカガシ亜属）が属するコナラ属Quercusは，種の境界があいまいな分類群の一つであり，複数の種間において葉緑体ハプロタイプの共有や核ゲノムの混合が報告されている。そこで今年度は，次世代シーケンサーを活用し，Restriction Site Associated DNA Sequence (RADseq) 法を用いてゲノムワイドなSNPデータを得ることにより，日本のカシ類の系統関係を明らかにした。日本のカシ類８種（イチイガシ，アカガシ，ウラジロガシ，アラカシ，シラカシ，ツクバネガシ，ハナガガシ，オキナワウラジロガシ）および中国のカシ類３種を解析した結果，種ごとに明確に遺伝的分化していることがわかった。
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