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2016 年度 実績報告書

海の牧草スケレトネマの簡便で定量的な同定方法開発とそれを用いた生理生態特性の解明

研究課題

研究課題/領域番号 26450248
研究機関福岡女子大学

研究代表者

山田 真知子  福岡女子大学, 国際文理学部, 教授 (30438303)

研究分担者 片野 俊也  東京海洋大学, 学術研究院, 准教授 (00509820)
大坪 繭子  福岡女子大学, 国際文理学部, 助手 (70336965)
研究期間 (年度) 2014-04-01 – 2017-03-31
キーワードSkeletonema属各種 / リアルタイムPCR法 / プライマー / 定量 / 同定 / 安価 / 簡便 / rDNA
研究実績の概要

海産珪藻類Skeletonema属は,基礎生産者として海洋生態系を支る重要な植物プランク トンである。このSkeletonema属は2005・'07年にSarno et al.によって微細形態観察と rDNA解析を用いた分類基準が報告されたが,この方法は同定前に細胞を単離培養する手間がかかり,さらに同定に当たっては高額な試薬や機器を使用し,定量的ではない。このため,これらの課題を解決する方法として,Real-time PCRを利用したSkeletonema 属各種同定法の開発を試みた。Real-time PCRはRoche社のLight Cycler 480を用い,定量には蛍光物質としてSYBR GreenIを用いるインターカレーション法を採用した。プライマーは,日本では出現記録のない2種を除いた Skeletonema属9種についてrDNA のLSUやSSUの塩基配列を特異的に増幅させるプライマーペアを設計し使用した。Real-time PCRでは絶対定量法を用い,同定されたSkeletonema属各種のDNA量の割合を求め,光学顕微鏡観察から得たサンプル中のSkeletonema属総細胞密度とこれらの割合から各種の細胞密度を算出した。海水サンプルはWhatman Nuclepore2.0μmで濾過を行い,このフィルター上の残渣からExtraction Bufferを用いてDNAを抽出した。底泥サンプルでは,ISOIL for Beads Beating (NIPPON GENE)を用いてDNAを抽出した。有明海と筑後川河口域の海水と底泥サンプルを用いて両方法を比較検討した結果,Real-time PCR法では優占種に加え単離培養法では確認できなかった種類も同定できた。Skeletonema属の同定法として,Real-time PCR法は,汎用されることが今後に見込れる。

  • 研究成果

    (6件)

すべて 2017 2016

すべて 雑誌論文 (2件) (うち国際共著 1件、 査読あり 2件) 学会発表 (4件)

  • [雑誌論文] 熱帯から亜寒帯に及ぶ我が国の5海域における珪藻Skeletonema属の種組成2017

    • 著者名/発表者名
      山田 真知子, 大坪 繭子, 多田 邦尚, 中野 義勝, 松原 賢, 飯田 直樹, 遠藤 宜成, 門谷 茂
    • 雑誌名

      日本水産学会誌

      巻: 83 ページ: 25 33

    • DOI

      10.2331/suisan.16-00040

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Utility of mitochondrial-encoded cytochrome c oxidase I gene for phylogenetic analysis and species identification of the planktonic diatom genus Skeletonema2017

    • 著者名/発表者名
      Machiko Yamada, Mayuko Otsubo, Yuki Tsutsumi, Chiaki Mizota, Yuka Nakamura, Kazuya Takahashi, Mitsunori Iwataki
    • 雑誌名

      Phycological Research

      巻: online: 19 ページ: 1 9

    • DOI

      10.1111/pre.12179

    • 査読あり / 国際共著
  • [学会発表] 水圏環境の変動に対する植物プランクトンの応答とその影響 4. 洞海湾における海域環境の長期変動と植物プランクトン群集の応答2016

    • 著者名/発表者名
      山田真知子
    • 学会等名
      平成28 年度水産環境保全委員会研究会
    • 発表場所
      近畿大学
    • 年月日
      2016-09-11
  • [学会発表] Real-time PCRを用いた海産珪藻Skeletonema属の簡便・安価・定量的同定法の開発2016

    • 著者名/発表者名
      宮村咲香・丸尾愛和・大坪繭子・山田真知子・ 片野俊也・円城寺夏実)・堀 恭子
    • 学会等名
      2016年日本ベントス学会・日本プランクトン学会合同大会
    • 発表場所
      熊本県立大学
    • 年月日
      2016-09-08
  • [学会発表] 東南アジア沿岸水域における海産珪藻keletonema属の種多様性について2016

    • 著者名/発表者名
      中村友香・岡村海咲・藤河茜・加藤志保・大坪繭子・山田真知子
    • 学会等名
      2016年日本ベントス学会・日本プランクトン学会合同大会
    • 発表場所
      熊本県立大学
    • 年月日
      2016-09-08
  • [学会発表] 洞海湾の過去100年間の堆積物から発芽したkeletonema属の種多様性2016

    • 著者名/発表者名
      原田愛実・新井夏菜子・柳 哲雄・大坪繭子・山田真知子
    • 学会等名
      2016年日本ベントス学会・日本プランクトン学会合同大会
    • 発表場所
      熊本県立大学
    • 年月日
      2016-09-08

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公開日: 2018-01-16  

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