| 研究実績の概要 |
トラフグ変異集団全個体（845尾分）のゲノムDNAに対し、9つの分泌性カルシウム結合性リンタンパク質SCPP各遺伝子について、5’ 側から48領域（各約200bp／領域）、SPARC (Exon2,3,4,5,6:445塩基)、SPARCL1 (Exon2,3,4:1145塩基）、SCPP1 (Exon2,3,4,5,6,7,8,9：480塩基)、SCPP2 (Exon2,3,4,5,6,7,8：661塩基)、SCPP3A (Exon2,3,4：259塩基)、SCPP3B (Exon2,3,4：289塩基)、SCPP3C Exon2,3,4：277塩基)、SCPP4 (Exon2,3,4,5,6：741塩基)、SCPP5 (Exon2,3,4,5,6,7+8：409塩基)を設定した。この全48領域（全4706塩基）に対して、NGS (Ion PGMTM)、マルチアンプリコン作製システム(Access ArrayTM)、ゲノム解析ソフト（CLCゲノミクスワークベンチ）を用いて変異塩基スクリーニングを実施し、参照配列とした親魚のゲノム配列と異なる塩基のうち、5%以下のものはシークエンサーのリードエラー、また10％以上も何らかのエラー、さらにin/delも除いた結果、アミノ酸変異を持たない変異が9カ所（SCPP2, SCPP3A, SCPP3C, SPARC）、アミノ酸変異を持つ変異が5カ所（SCPP3A：1カ所, SCPP3C：4カ所）の変異箇所が得られた。変異した塩基により、SCPP3Aではシステインがトリプトファンに、SCPP3C遺伝子ではスレオニンがアラニン（3カ所）あるいはイソロイシン(1カ所)に変異していた。SCPP遺伝子領域群で検出された変異導入率は0.0004％となり、当初の予想（0.4%程度）より低い値となり、変異が入りにくいゲノム領域である可能性が考えられた。
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