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当研究課題では，農業水路の水から抽出したDNA（以下，環境DNA）の中に，水田水域の代表魚種であるドジョウ（Misgurnus anguillicaudatus）とタモロコ（Gnathopogon elongatus）のDNAが存在するかどうか検出し，その有無に基づいて両種の生息状況を評価する手法を開発する．
平成26年度は，回収効率の高い環境DNAの抽出法について検討し，採水，ろ過，環境DNA抽出の各工程において次の実験を行った．採水については，採水量の違いによる環境DNAの抽出量の差を明らかにするため，水1Lと2Lから抽出した環境DNA濃度を比較した．水1Lからの環境DNA濃度は数ng/μLであったが，2Lでは数10ng/μLとなり，2Lの方が1Lよりも10倍程度，回収効率が高いことを確認した．ろ過については，フィルター材質の違いを特定するため，メンブレンとグラス繊維フィルターによる環境DNA濃度の違いを調べた．両フィルターともに環境DNA濃度に大きな差は認められず，コストの低いグラスフィルターの方が使用にあたって経済的であると考えられた．環境DNA抽出については，市販のカラムキット（シリカメンブレン），標準フェノール抽出法，熱変性法による環境DNA濃度の違いを確認した．環境DNA濃度はカラムキットで比較的安定した値が得られ，フェノール法と熱変性法では環境DNAが回収できない状況も生じた．抽出手順の煩雑さ，抽出後の廃液処理等も考慮すると，カラムキットが環境DNAの抽出に適していると判断された．
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