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本研究課題では黒毛和種牛の第一胃（ルーメン）発酵と微生物機能を網羅的に解析し、本品種の生産において真に重要なルーメン微生物機能の特定を目指した。黒毛和種牛ルーメン内ではLachnospiraceae科、Prevotellaceae科、Ruminococcaceae科、Unclassified BacteroidalesおよびUnclassified Clostridialesに属する細菌が全細菌の約70％を占めることを明らかにした。さらに、主要細菌群に属する澱粉分解菌株を分離培養し、菌株間で低pH耐性や可溶性糖類利用菌と協調関係が異なり、コア微生物群には機能的な差違があることを明らかにした。
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