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実験3年目は、筋芽細胞C2C12のコンドロイチン硫酸プロテオグリカンの1つであるデコリン遺伝子発現をノックダウンした細胞（DKm）を作製し、筋分化過程でのデコリンの役割を明らかにすることを目的とした。C2C12およびDKmを分化誘導して一定期間経過後、形成された筋管を抗ミオシン重鎖抗体で染め出した。筋管中の核数から求めた筋管係数（FI）値を筋分化の程度の指標とした。また、両細胞の筋分化や細胞増殖に関連する因子（myostatin、ActR-IIB、p21）のタンパク産生量を計測し、増殖性と細胞周期を検討、比較した。筋分化を誘導するとDKmでは幅の太い筋管が早期から多数出現した。また、C2C12と比較して有意に高いFI値を示し、分化が促進していた。デコリンの筋管形成への作用部位を確認するためにデコリン（コアタンパクと糖鎖）、デコリン糖鎖のCS-B、酵素処理で糖鎖を除去したコアタンパクをそれぞれDKmに加えて分化させると、前二者では分化は抑制され低いFI値を示したが、コアタンパクと反応させたDKmの分化は抑制されなかった。このことから、筋分化の制御はデコリン糖鎖が担っていることが考えられた。さらに筋分化や増殖に関連する因子の産生量を両細胞で比較したところ、DKmでは検索したすべての因子がC2C12より低値を示した。また、増殖性および細胞周期のS期の割合がDKmで高くなっていた。これらのことから、デコリンはその糖鎖が筋分化の抑制因子であるmyostatinを直接的あるいは間接的に調節し、筋分化を負に制御する因子であることが示唆された。
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