| 研究課題/領域番号 |
26450465
|
|---|
| 研究機関 | 東京農工大学 |
|---|
研究代表者 |
天竺桂 弘子 東京農工大学, (連合)農学研究科(研究院), 講師 (80434190)
|
|---|
| 研究分担者 |
坊農 秀雅 大学共同利用機関法人情報・システム研究機構, (新領域融合研究センター及びライフサイエンス統合データベースセンター, 准教授 (20364789)
|
|---|
| 研究期間 (年度) |
2014-04-01 – 2017-03-31
|
| キーワード | 酸化ストレス / miRNA / RNA-seq / 定量RT-PCR / B.mori / 変異体 / ポジショナルクローニング |
|---|
| 研究実績の概要 |
カイコガ(Bombyx mori)の幼虫には油蚕（あぶらこ）と呼ばれている尿酸代謝に異常を持つ変異体が存在する。申請者はライフサイエンス統合データベースセンターの坊農博士を中心とするグループとの共同研究により、新型シーケンサーで解読したカイコガ変異体 opおよび野生型の全ゲノム配列および各組織におけるRNA-seq解析データの解析を引き続き行った。ところが、得られたゲノム配列、RNA-seqデータの比較解析では野生型と変異体の違いを見いだすことが出来なかった。これまでに様々な配列解析の手法を用いて解析を行っていたが、opの原因遺伝子を同定できずにいた。
そこで、本年度はカイコmiRNAの公共データベースから得られたデータを新たに解析に加えた。その結果、ポジショナルクローニングで絞り込んだ原因遺伝子候補領域に存在するmiRNAを見出した。現在この候補に関して定量RT-PCRおよびルシフェラーゼアッセイ等を用いた解析により、更なる原因遺伝子の絞り込みを行っている。
また、先の研究によりMicroarray解析で同定した尿酸合成経路を調節すると思われる遺伝子群についてもRNAiにより尿酸合成との関連を調査する目的で機能解析を継続している。来年度末頃には、これらの経路について最終的なデータを得られる予定である。
|
| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
2: おおむね順調に進展している
理由
これまでに目標であった、原因遺伝子候補を同定できつつあるため。
|
| 今後の研究の推進方策 |
平成28年度は得られた候補カイコmiRNAについて詳細にその機能を解析することを目標とする。現在この候補に関して定量RT-PCRおよびルシフェラーゼによる標的配列結合アッセイ等を用いた解析により、更なる原因遺伝子の絞り込みと、その標的遺伝子の探索を行っている。具体的には、RNA-seqでopにおいて発現が低下した遺伝子群を抽出し、miRNAの標的配列と結合する遺伝子を抽出し、実験により確定する。
また、先の研究によりMicroarray解析で同定した尿酸合成経路を調節すると思われる遺伝子群についてもRNAiにより尿酸合成との関連を調査する目的で機能解析を継続している。最終年度はこれらのデータを総合し、尿酸経路の全貌解明にむけたデータを得られる予定である。
|
| 次年度使用額が生じた理由 |
年度末まで原因遺伝子が特定できず、旅費やデータ解析用のアプリケーションを購入しなかったため。
|
| 次年度使用額の使用計画 |
未使用額は次年度物品費に組み込み計画通りに全て使用する。
|
