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2015 年度 実施状況報告書

病原細菌の全ゲノム解析に基づくゲノム疫学の構築と集団感染症対策への応用の基盤研究

研究課題

研究課題/領域番号 26460540
研究機関千葉県衛生研究所

研究代表者

横山 栄二  千葉県衛生研究所, その他部局等, その他 (40370895)

研究分担者 村上 覚史  東京農業大学, 農学部, 教授 (40385498)
研究期間 (年度) 2014-04-01 – 2017-03-31
キーワード疫学 / 病原細菌 / 全ゲノム解析 / ゲノム疫学
研究実績の概要

次世代シークエンサー(NGS)のデータについては平成26年度中に予定数の解析が終了していたが、研究目的を達成するために新たな観点からの調査が必要であることが判明した。そのため、東京農業大学生物資源ゲノム解析センター(NGRC)の平成27年度共同研究拠点事業の共同研究(後期分)に申請し採択されたことで追加の解析データを得る事ができた。
研究目的であるゲノム疫学を構築するためにはその対象となる病原細菌の進化系統グループを明らかにする必要があるが、NGS解析で得られたデータに基づいて本研究の研究対象である腸管出血性大腸菌O157の進化系統グループ定義を評価し、再定義を行った。その内容については論文を投稿中である。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

当初の研究計画では予定していなかった解析が必要となったが、それに関しては東京農業大学生物資源ゲノム解析センター(NGRC)の平成27年度共同研究拠点事業の共同研究(後期分)に採択されたことで必要なデータを得ることが出来た。予定通り、平成28年度についてはNGS解析を行う必要はない段階まで終了している。

今後の研究の推進方策

平成28年度はこれまでに得られたデータを解析し、その成果を学会および論文発表により社会に還元していく。論文については現在投稿中の1報に加えて、もう1報が投稿準備がほぼ整った段階まで到達している。また、学会発表については4月、9月、11月に予定している。

次年度使用額が生じた理由

あらたにNGS解析が必要となった菌株の解析が、東京農業大学生物資源ゲノム解析センターの平成27年度共同研究改題として採択されたことにより、NGS解析に使用する費用が軽減できたために計画より余剰が生じた。

次年度使用額の使用計画

研究成果をより広く還元するために、投稿する論文をOpen Accessにするための費用として使用する予定である。

備考

平成26年度に東京農業大学生物資源ゲノム解析センターに依頼したNGS解析の概要がニュースレターのP30に掲載されている。

  • 研究成果

    (5件)

すべて 2016 2015 その他

すべて 学会発表 (4件) 備考 (1件)

  • [学会発表] 次世代シークエンサーによる腸管出血性大腸菌O157の特定クローンの同定2016

    • 著者名/発表者名
      横山栄二、平井晋一郎、村上覚史
    • 学会等名
      第90回日本感染症学会学術講演会
    • 発表場所
      仙台国際センター
    • 年月日
      2016-04-15 – 2016-04-16
  • [学会発表] 全ゲノム解析データに基づく腸管出血性大腸菌O157の進化系統グループの再定義2015

    • 著者名/発表者名
      横山栄二、平井晋一郎、石毛太一郎、村上覚史
    • 学会等名
      第158回日本獣医学会学術集会
    • 発表場所
      北里大学
    • 年月日
      2015-09-07 – 2015-09-09
  • [学会発表] 全ゲノム解析データに基づく腸管出血性大腸菌O157の進化系統グループの再定義2015

    • 著者名/発表者名
      横山栄二、平井晋一郎、石毛太一郎、村上覚史
    • 学会等名
      第19回腸管出血性大腸菌感染症研究会
    • 発表場所
      国立食品医薬品衛生研究所
    • 年月日
      2015-07-09 – 2015-07-10
  • [学会発表] 次世代シークエンサーによる出血性大腸菌O157の分子疫学的解析2015

    • 著者名/発表者名
      横山栄二、平井晋一郎、村上覚史
    • 学会等名
      第89回日本感染症学会学術講演会
    • 発表場所
      京都国際会館
    • 年月日
      2015-04-16 – 2015-04-17
  • [備考] 生物資源ゲノム解析拠点ニュースレター

    • URL

      http://www.nodai-genome.org/download/ngrcgabasenewsno2.pdf?1459995650

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公開日: 2017-01-06  

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