半導体次世代シークエンサーによる消化器がんリスク集団特異的がん関連遺伝子多型解析

2016 年度 実績報告書

• 研究課題/領域番号: 26460757
• 研究機関: 千葉県がんセンター(研究所)
• 研究代表者: 三上 春夫 千葉県がんセンター(研究所), がん予防センター, 部長 (10332355)
• 研究期間 (年度): 2014-04-01 – 2017-03-31
• キーワード: 癌 / 遺伝学 / 遺伝子 / ゲノム / 人間生活環境

研究実績の概要

超マルチプレックスのPCR技術と半導体シークエンス技術を応用することで、400以上の主ながん関連遺伝子の全エクソン配列情報を短時間で検討できる比較的安価なゲノムシークエンスプラットフォームを確立し、消化器がんを含む様々ながんで体細胞変異を探索し、遺伝子診断への応用を図っている。本研究では、千葉県で行われているゲノムコホート研究に応用し、県内のがん高発症地域の原因究明のため、消化器がんを発症したリスクグループ及び70歳までがんの発症を認めていない非リスクグループの解析を行った。さらに院内患者集団との比較、並びに体細胞変異を検討することで、リスクマーカー、体細胞変異Signatureを同定し、がん予防、治療、予後予測への利用を試みることを目的として進めた。平成 28年度までの解析から、千葉県東北部で行っているコホート研究で収集した検体のうち、胃がん発症例40例、大腸がん発症例43例及び非がん症例33例についてIon AmpliSeqとComprehensive Cancer Panelを使用し、Ion Torrent PGM半導体シークエンサーによる解析を行った。その結果、胃がん及び大腸がんを発症したリスクグループでは、がんの発症を認めていない非リスクグループと比較して、より多くの未報告の遺伝子多型が検出され、ナンセンスやミスセンス変異を示す多型も多く検出された。また、アミノ酸の変化により遺伝子の蛋白構造に影響を与え、蛋白質の機能を変えることが考えられる遺伝子として、胃がんでは2 遺伝子、大腸がんでは3遺伝子に着目した。さらに、胃がん及び大腸がんの臨床検体を用いてこれら遺伝子の多型解析を行った。その結果、胃がん105症例中9症例で、大腸がん70症例中５症例でも生殖細胞変異が認められることを見出した。がん予防、治療、予後予測へ繋がる結果であると期待される。

研究成果

• [雑誌論文] Associations between Dietary Patterns, ADRβ2 Gln27Glu and ADRβ3 Trp64Arg with Regard to Serum Triglyceride Levels: J-MICC Study. (2016)
  • 著者名/発表者名: Nanri H, Nishida Y, Nakamura K, Tanaka K, Naito M, Yin G, Hamajima N, Takashima N, Suzuki S, Nindita Y, Kohno M, Uemura H, Koyama T, Hosono S, Mikami H, Kubo M, Tanaka H.
  • 雑誌名: Nutrients 巻: 8 ページ: -
  • DOI: 10.3390/nu8090545.
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Influence of cigarette smoking and inflammatory gene polymorphisms on glycated hemoglobin in the Japanese general population. (2016)
  • 著者名/発表者名: Nishida Y, Hara M, Sakamoto T, Shinchi K, Kawai S, Naito M, Hamajima N, Kadota A, Suzuki S, Ibusuki R, Hirata A, Yamaguchi M, Kuriyama N, Oze I, Mikami H, Kubo M, Tanaka H; Japan Multi-Institutional Collaborative Cohort (J-MICC) Study Group.
  • 雑誌名: Prev Med Rep 巻: 3 ページ: 288-295
  • DOI: 10.1016/j.pmedr.2016.03.010. 2016.
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] ALDH2 polymorphism is associated with fasting blood glucose through alcohol consumption in Japanese men. (2016)
  • 著者名/発表者名: Yin G, Naito M, Wakai K, Morita E, Kawai S, Hamajima N, Suzuki S, Kita Y, Takezaki T, Tanaka K, Morita M, Uemura H, Ozaki E, Hosono S, Mikami H, Kubo M, Tanaka H; Japan Multi-institutional Collaborative Cohort (J-MICC) Study Group.
  • 雑誌名: Nagoya J Med Sci 巻: 78 ページ: 183-193
  • 査読あり / オープンアクセス
• [学会発表] 前向きコホート研究による胃がん高リスク群でのアミノ酸変化を伴う多型の解析 (2016)
  • 著者名/発表者名: 滝口伸浩、中村洋子、三上春夫、永瀬 浩喜
  • 学会等名: 第54回日本癌治療学会学術集会
  • 発表場所: パシフィコ横浜
  • 年月日: 2016-10-20 – 2016-10-22
• [学会発表] Analysis of non-synonymous genetic variations associated with cancer risk by a prospective cohort study 前向きコホート研究によるがんの高リスク群でのアミノ酸変化を伴う多型の解析 (2016)
  • 著者名/発表者名: Yohko Nakamura, Yoshiaki Maru, Yasutoshi Tatsumi, Kazuhiro Okumura, Sana Yokoi, Miki Ohira,, Yoshihiro Nabeya, Satoshi Fukasawa, Jin Katayama Hiroki Nagase, Haruo Mikami
  • 学会等名: 第75回日本癌学会学術総会
  • 発表場所: パシフィコ横浜
  • 年月日: 2016-10-06 – 2016-10-08
• [備考] 千葉県がんセンター研究所
  • URL: http://www.pref.chiba.lg.jp/gan/kenkyujo/