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2015 年度 実施状況報告書

ChinesePlex:中国人特異的SNPによる日本人と中国人の識別法の開発

研究課題

研究課題/領域番号 26460878
研究機関鳥取大学

研究代表者

湯浅 勲  鳥取大学, 医学部, 准教授 (00093633)

研究期間 (年度) 2014-04-01 – 2017-03-31
キーワード中国人 / 日本人 / 特異遺伝子 / 個人識別 / PCR / DNA解析
研究実績の概要

本研究の目的は、新しい個人識別法として、比較的少数のDNAマーカーを用いて、生物学的資料が中国人であること、中国人由来であることを推定証明する方法を確立することである。この目的を達成するためには、マーカーの出現が中国人に限られていること、すなわち、中国人特異的アレルが重要である。ハップマップデータベースと1000ゲノムデータベースから中国人特異的と思われるSNPを約500座位検索抽出した。これらのSNPの分布を再調査するために、頻度の高い約250座位のSNPについて、比較的安価なAPLP 法に基づいた増幅プライマーの作成を検討した。約5分の1の座位では塩基配列がGCに富むなどの特殊性のためにプライマーが設定できず、また、一部でPCR増幅やアレル特異性の悪いものがあった。残りについては鳥取と沖縄の日本人、ソウルの韓国人、ウランバートルのモンゴル人、中国無錫と長沙の漢民族、ネパールのチベット人、ミュンヘンのドイツ人、ナイジェリア・ガーナのアフリカ人計875名を用いて調査した。多くのSNPで、中国人のみならず、日本人でも検出された。少数ながら、中国人に観察され、日本人に観察されないSNPがみつかった。しかしながら、これらのSNPは中国の漢民族の2集団のみならず、日本人以外の他の集団のいくつかでも観察され、中国人特異的というより大陸特異的であった。このことは、漢民族で頻度が高いアレルは周辺集団に拡散しており、縄文人由来と考えられる日本人特異的アレルとは異なっていた。さらにスクリーニングを継続するとともに、これらのアレルを用いた簡便なマルチプレックスPCR法を確立するために、SNaPshotを用いた一塩基伸長法による方法の開発に着手する。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

目的の中国人特異的アレルをまず、データベースから検索し、実際に中国人特異的なのかどうかを9集団のDNA を用いて、スクリーニングをおこなってきた。このようなアレルが期待した以上に、日本人でも観察されたが、いくつかのSNPで中国人特異的アレルがみつかり、集団間の識別が可能となりうると思われた。

今後の研究の推進方策

現在までに、250座のSNPを調べてきて、いくつかの中国人特異的アレルが見つかったが、スクリーニングを継続するとともに、SNaPshotを用いた一塩基伸長法によるマルチプレックス化を検討する。

次年度使用額が生じた理由

予算の150万円と前年度の残額(1万円以下)は、予定通り、物品の購入、機器の使用などに使用し、残金は2万円以下であった。この残金は試薬などの物品費の購入としても不十分なので、次年度の予算と合わせて有効に利用する。

次年度使用額の使用計画

次年度の予算にくわえて、有効に使用する。

  • 研究成果

    (9件)

すべて 2016 2015

すべて 雑誌論文 (5件) (うち査読あり 5件、 謝辞記載あり 3件) 学会発表 (4件)

  • [雑誌論文] The art of traditional native PAGE: the APLP 48-ID assay for human identification.2016

    • 著者名/発表者名
      Kazuo Umetsu, Isao Yuasa, Masaki Hashiyada, et al.
    • 雑誌名

      Legal Medicine

      巻: 19 ページ: 28-31

    • DOI

      doi: 10.1016/j.legalmed.2015.12.006.

    • 査読あり
  • [雑誌論文] The global distribution of the p.R1193Q polymorphism in the SCN5A gene.2016

    • 著者名/発表者名
      Aya Matsusue, Isao Yuasa, Kazuo Umetsu, et al.
    • 雑誌名

      Legal Medicine

      巻: 19 ページ: 72-76

    • DOI

      doi: 10.1016/j.legalmed.2015.07.010.

    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] 日本人特異的アレルによる日本人の証明:JapanesePlexの試み2016

    • 著者名/発表者名
      湯浅 勲、山本 敏充、松末 綾、赤根 敦
    • 雑誌名

      DNA多型

      巻: 24 ページ: 印刷中

    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] High Resolution Melting(HRM)法によるADAMTS13遺伝子c.C1423T(p.P475S)多型の解析2016

    • 著者名/発表者名
      中川 真由美、湯浅 勲
    • 雑誌名

      DNA多型

      巻: 24 ページ: 印刷中

    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Non specific drug distribution in an autopsy case report of fatal caffeine intoxication.2015

    • 著者名/発表者名
      Takaki Ishikawa, Isao Yuasa, Minoru Endoh
    • 雑誌名

      Legal Medicine

      巻: 17 ページ: 535-538

    • DOI

      doi: 10.1016/j.legalmed.2015.11.002.

    • 査読あり
  • [学会発表] 日本人特異的アレルによる日本人の証明:JapanesePlexの試み2015

    • 著者名/発表者名
      湯浅 勲、山本 敏充、松末 綾、赤根 敦
    • 学会等名
      第24回日本DNA多型学会学術集会
    • 発表場所
      岡山大学創立五十周年記念館(岡山市)
    • 年月日
      2015-11-19 – 2015-11-20
  • [学会発表] High Resolution Melting (HRM)法によるADAMTS13遺伝子c.C1423T(p.P475S)多型の解析2015

    • 著者名/発表者名
      中川 真由美、湯浅 勲
    • 学会等名
      第24回日本DNA多型学会学術集会
    • 発表場所
      岡山大学創立五十周年記念館(岡山市)
    • 年月日
      2015-11-19 – 2015-11-20
  • [学会発表] ADAMTS13遺伝子のp.P475S多型の地理的分布2015

    • 著者名/発表者名
      湯浅 勲、石川 隆紀、松末 綾、中屋敷 徳、西向 弘明
    • 学会等名
      第99次日本法医学会学術全国集会
    • 発表場所
      高知市文化プラザかるぽーと(高知市)
    • 年月日
      2015-06-08 – 2015-06-10
  • [学会発表] 法医剖検例における膵臓被膜下・間質内出血の意義についてー予備的検討―2015

    • 著者名/発表者名
      石川隆紀、遠藤 実、湯浅 勲
    • 学会等名
      第99次日本法医学会学術全国集会
    • 発表場所
      高知市文化プラザかるぽーと(高知市)
    • 年月日
      2015-06-08 – 2015-06-10

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公開日: 2017-01-06  

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