| 研究課題/領域番号 |
26461603
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| 研究機関 | 千葉県がんセンター(研究所) |
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研究代表者 |
大平 美紀 千葉県がんセンター(研究所), がんゲノム研究室, 室長 (20311384)
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| 研究期間 (年度) |
2014-04-01 – 2017-03-31
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| キーワード | ゲノム / 遺伝子 / マイクロアレイ / 癌 |
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| 研究実績の概要 |
小児の代表的な腹部固形腫瘍である神経芽腫は、１歳未満に見つかる自然退縮する予後良好タイプから、１歳以降に生じ予後不良な難治性タイプまで、臨床経過が異なるサブセットが存在する。最近の大量化学療法の進歩にもかかわらず、進行神経芽腫については５年生存率は約30%と依然として予後不良である。本研究では、このように多様な臨床像を示す各サブセットの神経芽腫について最適な治療戦略を構築するため、ゲノムと遺伝子発現プロファイルの観点から悪性化腫瘍に強く関連する分子的特徴を明らかにすることを目的とする。
平成26年度は、病期3または4の予後良好群（生存例）20症例ならびに予後不良群（死亡例）20例について、次世代シーケンサーによるRNAシーケンシングと8x60Kアレイを用いた網羅的遺伝子発現解析を行った。このうち、全エクソンについての遺伝子変異が判明していた30例については、まず該当遺伝子の発現レベルが予後と相関するかどうかの検討を行った。公知データベースの発現データを用いた予後解析からは、少なくとも変異が生じた４つの遺伝子の発現レベルは予後との相関が示唆された。また、RNAシーケンス結果のマッピングから、異常なスプライシングバリアントと融合遺伝子の有無を検索し、約20の融合RNA候補に絞り込んだ。miRNA分画については、まずtotal RNAをもちいて8x60Kマイクロアレイを用いた発現解析を行い、今後行う次世代シーケンサーによる低分子RNA解析のコントロールとした。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
2: おおむね順調に進展している
理由
H26年度に予定していた神経芽腫40症例（典型的な予後良好群20症例、予後不良群20例）について、RNAシーケンシング、mRNA/miRNA網羅的発現アレイ解析、変異のある遺伝子の発現レベルの予後との関係性の検討、異常RNAバリアントならびに融合RNA候補の抽出が一通り完了している。マイクロRNA分画を用いた低分子RNAシーケンシングについてもシステムセットアップを進行中であり、継続して新規miRNAの同定等にむけて解析を進める予定である。
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| 今後の研究の推進方策 |
引き続き治療抵抗性神経芽腫に特徴的なゲノムならびに遺伝子発現プロファイルを明らかにするため、次世代シーケンサーを用いてMYCN増幅群を含む30例についてRNAシーケンシングとmiRNAシーケンシングを進め、予後の異なるサブセット間の分子プロファイルの違いを検索する。予後と相関があるプロファイルについて、予想標的遺伝子を検索し、絞り込む。これらのRNA/miRNAシーケンシングから得られた候補遺伝子の検証を100例以上の検体を用いた定量PCR解析等により行う。
また、遺伝子変異を伴わないが、遺伝子発現レベルに特徴がある症例については、発現低下遺伝子に関してエピゲノム変化との関連を検討する。別途進めている研究課題から得られたメチルーム解析の結果を活用することを予定している。
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| 次年度使用額が生じた理由 |
H26年度の途中で、主任研究者のH26年度末の異動の予定が決定したことにより、低分子RNAのシーケンシングシステムのセットアップに関しては、異動後の新たな所属先のシステムに合わせたものとするため、試料の調製と条件検討等の最低限の支出とし、その他のマイクロアレイを中心としたデータ解析に注力した配分としたため。
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| 次年度使用額の使用計画 |
物品費（約170万）：核酸調製用試薬、シーケンシング試薬、マイクロアレイ試薬、定量PCR用試薬、細胞培養用試薬ならびにチューブ類などの一般消耗品
旅費（約30万）：情報収集ならびに成果の発信を目的とした国内学会参加のための旅費2回分と国際学会参加のための旅費を計上
その他（約10万）：振込手数料、論文の英語校正、学会ポスター印刷費、学会参加費等
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