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2014 年度 実施状況報告書

次世代シークエンサーのメタゲノミック解析を用いた新生児感染症の病原微生物の同定

研究課題

研究課題/領域番号 26461632
研究機関神戸大学

研究代表者

森岡 一朗  神戸大学, 医学(系)研究科(研究院), 教授 (80437467)

研究分担者 池田 真理子(谷口真理子)  神戸大学, 医学(系)研究科(研究院), 講師 (00410738)
竹島 泰弘  神戸大学, 医学(系)研究科(研究院), 客員教授 (40281141)
研究期間 (年度) 2014-04-01 – 2017-03-31
キーワード次世代シークエンサー / メタゲノミック診断法 / 周産期・新生児感染症
研究実績の概要

本研究の目的は、世界で初めて新生児感染症において次世代シークエンサーを用いたメタゲノミック診断法を確立し、今まで同定が困難だった病原微生物の同定を行うことである。そのために、まず本研究課題内容を神戸大学大学院医学研究科遺伝子解析研究倫理審査委員会に申請した。No.104「次世代シークエンサーを用いたメタゲノミック診断法の確立と周産期・新生児期・小児期における感染症の新規病原微生物遺伝子の同定」として承認を得た(平成26年9月29日付)。本年度は、1. 研究のセットアップと2. すでに病原微生物を同定できている感染症を発症した既存サンプルを用いて、次世代シークエンサーによるメタゲノミック解析(後ろ向き解析)を行うことを目的とした。
1.Miseq(イルミナ社)プラットフォーム、シークエンスに必要なライブラリ作成技術・シークエンスランや解析を行う研究環境を整えた。
2.エンテロウイルスが同定されている既存サンプル(咽頭ぬぐい液、糞便)で、ライブラリ作成、シークエンスランを行い、ヒトゲノム参照配列を除外し、サンガー法でエンテロウイルスの配列を確認した。

周産期・新生児感染症関連成果の学会発表、論文や著書を執筆掲載した。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

本研究課題を平成26年9月29日付で神戸大学大学院医学研究科遺伝子解析研究倫理審査委員会の承認を得た。Miseqプラットフォーム、シークエンスに必要なライブラリ作成技術・シークエンスランや解析を行う研究環境のセットアップを終えた。すでに病原微生物(エンテロウイルス)を同定できている既存サンプル(咽頭ぬぐい液、糞便)で、ライブラリ作成、シークエンスランを行い、ヒトゲノム参照配列を除外し、サンガー法でエンテロウイルスの配列を確認できた。周産期・新生児感染症関連成果の学会発表、論文や著書を執筆掲載した。

今後の研究の推進方策

既知および未知の病原微生物を検出するための次世代シークエンサーを用いたメタゲノミック診断法の確立の確立を目指す。エンテロウイルスやその他の病原微生物を同定できている既存サンプルを用いてメタゲノミック解析を反復して行い、本診断方法をまず確立させる。続いて、従来法にて病原微生物を同定できなかったが感染症を発症した新生児の既存サンプルを用いて、今まで同定が困難だった既知の病原微生物や新規の病原微生物の同定を試みる。共同研究として藤田保健衛生大学総合医科学研究所分子遺伝学教室倉橋浩樹教授との共同研究でバイオインフォマティクスのアドバイスも受け、衛生研究所との共同研究によりウイルス分離や既知病原微生物の除外診断が可能であるため試料の提出の準備を整えていく。

次年度使用額が生じた理由

他研究費により物品試薬費用を充当できた。そのため若干の次年度使用額が生じた。

次年度使用額の使用計画

引き続き、Miseqおよびシークエンスに必要なライブラリ作成・シークエンスランや解析のための試薬等に充当する。積極的に学会へ参加し最新の技術や知識の習得のために使用する。また、成果発表費用としても使用する予定である。

  • 研究成果

    (39件)

すべて 2015 2014 その他

すべて 雑誌論文 (6件) (うち査読あり 5件、 オープンアクセス 1件、 謝辞記載あり 1件) 学会発表 (21件) 図書 (11件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Low total IgM values and high cytomegalovirus loads in the blood of newborns with symptomatic congenital cytomegalovirus infection2015

    • 著者名/発表者名
      Kobayashi Y., Morioka I., Koda T., Nakamachi Y., Okazaki Y., Noguchi Y., Ogi M., Chikahira M., Tanimura K., Ebina Y., Funakoshi T., Ohashi M., Iijima K., Inoue N., Kawano S., Yamada H.
    • 雑誌名

      J Perinat Med

      巻: 43 ページ: 239-243

    • DOI

      10.1515/jpm-2014-0071.

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Nationwide survey of mother-to-child infections in Japan2015

    • 著者名/発表者名
      Yamada H., Tairaku S., Morioka I., Sonoyama A., Tanimura K., Deguchi M., Nagamata S., Ebina Y.
    • 雑誌名

      J Infect Chemother

      巻: 21 ページ: 161-164

    • DOI

      10.1016/j.jiac.2014.10.013.

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Rapid increase of serum IgG avidity index in women with congenital cytomegalovirus infection2015

    • 著者名/発表者名
      Ebina Y, Minematsu T, Morioka I, Deguchi M, Tairaku S, Tanimura K, Sonoyama A, Nagamata S, Morizane M, Yamada H
    • 雑誌名

      J Clin Virol

      巻: 66 ページ: 44-47

    • DOI

      10.1016/j.jcv.2015.03.002.

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Thr72Ala polymorphism in the NKG2D gene is associated with congenital cytomegalovirus disease2015

    • 著者名/発表者名
      Taniguchi R, Koyano S, Suzutani T, Goishi K, Ito Y, Morioka I, Nakamura H, Yamada Y, Oka A, Inoue N
    • 雑誌名

      Infection

      巻: In press ページ: In press

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Recent epidemiology of neonatal sepsis in Japan: Did the strategies to control and prevent MRSA transmission lead to a reduction in the incidence of late-onset sepsis?2014

    • 著者名/発表者名
      Morioka I., Iwatani S., Koda T., Nagasaka M., Yamana K., Kurokawa D., Fujita K., Nishida K., Iijima K.
    • 雑誌名

      Research and Reports in Neonatology

      巻: 4 ページ: 177-181

    • DOI

      http://dx.doi.org/10.2147/RRN.S48314

    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] 先天性サイトメガロウイルス感染児の臨床に関する最近の動向2014

    • 著者名/発表者名
      森岡一朗
    • 雑誌名

      兵庫県小児科医会報

      巻: 62 ページ: 49-53

  • [学会発表] 先天性サイトメガロウイルス感染の効果的な周産期管理法の確立を目指して2015

    • 著者名/発表者名
      森岡一朗
    • 学会等名
      第33回周産期学シンポジウム
    • 発表場所
      浜松
    • 年月日
      2015-01-23 – 2015-01-24
  • [学会発表] 症候性先天性サイトメガロウイルス感染に対する免疫グロブリンを用いた胎児治療2014

    • 著者名/発表者名
      上中美月、谷村憲司、鷲尾佳一、平久進也、篠崎奈々絵、森實真由美、出口雅士、蝦名康彦、森岡一朗、山田秀人
    • 学会等名
      第131回近畿産科婦人科学会学術集会
    • 発表場所
      大阪
    • 年月日
      2014-10-26 – 2014-10-26
  • [学会発表] 免疫グロブリン投与によるサイトメガロウイルス母子感染予防の試み2014

    • 著者名/発表者名
      出口可奈、谷村憲司、平久進也、篠崎奈々絵、森實真由美、出口雅士、蝦名康彦、森岡一朗、山田秀人
    • 学会等名
      第131回近畿産科婦人科学会学術集会
    • 発表場所
      大阪
    • 年月日
      2014-10-26 – 2014-10-26
  • [学会発表] Low total IgM values and high cytomegalovirus loads in the blood of newborns with symptomatic congenital cytomegalovirus infection.2014

    • 著者名/発表者名
      Morioka I, Kobayashi Y, Koda T, Nakamachi Y, Okazaki Y, Noguchi Y, Tairaku S, Tanimura K, Deguchi M, Ebina Y, Kawano S, Iijima K, Yamada H.
    • 学会等名
      39th Annual International Herpesvirus Workshop
    • 発表場所
      Kobe, Japan
    • 年月日
      2014-07-19 – 2014-07-23
  • [学会発表] The IgG avidity value for the prediction of congenital cytomegalovirus infection in a prospective cohort study2014

    • 著者名/発表者名
      Ebina Y, Minematsu T, Sonoyama A, Morioka I, Inoue N, Tairaku S, Nagamata S, Tanimura K, Morizane M, Deguchi M, Yamada H.
    • 学会等名
      39th Annual International Herpesvirus Workshop
    • 発表場所
      Kobe, Japan
    • 年月日
      2014-07-19 – 2014-07-23
  • [学会発表] Rapid increase in CMV IgG avidity correlates with cytomegalovirus transmission to the fetus2014

    • 著者名/発表者名
      Ebina Y, Ichihashi S, Tairaku S, Deguchi M, Morioka I, Tanimura K, Minematsu T, Yamada H.
    • 学会等名
      39th Annual International Herpesvirus Workshop
    • 発表場所
      Kobe, Japan
    • 年月日
      2014-07-19 – 2014-07-23
  • [学会発表] Prophylactic intravenous immunoglobulin injections to mothers with primary cytomegalovirus infection2014

    • 著者名/発表者名
      Tanimura K, Tairaku S, Sonoyama A, Morizane M, Ebina Y, Morioka I, Yamada H.
    • 学会等名
      39th Annual International Herpesvirus Workshop
    • 発表場所
      Kobe, Japan
    • 年月日
      2014-07-19 – 2014-07-23
  • [学会発表] A single nucleotide polymorphism in the NKG2D gene is associated with clinical outcome of congenital cytomegalovirus infection at birth2014

    • 著者名/発表者名
      Taniguchi R, Koyano S, Suzutani T, Goishi K, Ito Y, Morioka I, Nakamura H, Yamada H, Oka A, Inoue N.
    • 学会等名
      39th Annual International Herpesvirus Workshop
    • 発表場所
      Kobe, Japan
    • 年月日
      2014-07-19 – 2014-07-23
  • [学会発表] 胎盤トキソプラズマ感染を認めた2例2014

    • 著者名/発表者名
      出口雅士、松岡正造、白川得朗、小嶋伸恵、平久進也、篠崎奈々絵、鈴木嘉穂、谷村憲司、森岡一朗、山田秀人
    • 学会等名
      第50回日本周産期・新生児医学会
    • 発表場所
      浦安
    • 年月日
      2014-07-13 – 2014-07-15
  • [学会発表] 近年日本における母子感染の実態2014

    • 著者名/発表者名
      平久進也、森岡一朗、蝦名康彦、園山綾子、谷村憲司、出口雅士、山田秀人
    • 学会等名
      第50回日本周産期・新生児医学会
    • 発表場所
      浦安
    • 年月日
      2014-07-13 – 2014-07-15
  • [学会発表] IgG avidityとPCR法を用いたサイトメガロウイルス妊婦スクリーニング2014

    • 著者名/発表者名
      笹川勇樹、蝦名康彦、長又哲史、園山綾子、伊勢由香里、森岡一朗、平久進也、谷村憲司、出口雅士、峰松俊夫、山田秀人
    • 学会等名
      第130回近畿産科婦人科学会学術集会
    • 発表場所
      大阪
    • 年月日
      2014-06-28 – 2014-06-29
  • [学会発表] 全国産科施設を対象としたパルボウイルスB19母子感染の実態調査2014

    • 著者名/発表者名
      蝦名康彦、平久進也、森岡一朗、谷村憲司、出口雅士、長又哲史、山田秀人
    • 学会等名
      第55回日本臨床ウイルス学会
    • 発表場所
      札幌
    • 年月日
      2014-06-14 – 2014-06-15
  • [学会発表] サイトメガロウイルス先天性感染例においてIgG avidity indexは急速に増加する2014

    • 著者名/発表者名
      蝦名康彦、峰松俊夫、市橋さなえ、平久進也、出口雅士、森岡一朗、谷村憲司、山田秀人
    • 学会等名
      第55回日本臨床ウイルス学会
    • 発表場所
      札幌
    • 年月日
      2014-06-14 – 2014-06-15
  • [学会発表] バルガンシクロビルにより呼吸障害が改善した症候性先天性サイトメガロウイルス感染症の1例2014

    • 著者名/発表者名
      西田浩輔、森岡一朗、久保川育子、森 健、早川 晶、大山正平、親里嘉展、飯島一誠
    • 学会等名
      第262回日本小児科学会兵庫県地方会
    • 発表場所
      神戸
    • 年月日
      2014-05-24 – 2014-05-24
  • [学会発表] Characterizations of blood markers for cytomegalovirus (CMV) detection in newborns with congenital CMV infection2014

    • 著者名/発表者名
      Morioka I, Kobayashi Y, Nakamachi Y, Okazaki Y, Noguchi Y, Ogi M, Chikahira M, Inoue N, Yamada H, Kawano S, Iijima K.
    • 学会等名
      Pediatric Academic Society and Society for Asian Pediatric Research Joint Meeting
    • 発表場所
      Vancouver, Canada
    • 年月日
      2014-05-03 – 2014-05-06
  • [学会発表] Prevalence of MRSA-colonized patients and the measures to control and prevent MRSA transmission in Japanese neonatal intensive care units2014

    • 著者名/発表者名
      Morioka I, Takahashi N, Kitajima H.
    • 学会等名
      Pediatric Academic Society and Society for Asian Pediatric Research Joint Meeting
    • 発表場所
      Vancouver, Canada
    • 年月日
      2014-05-03 – 2014-05-06
  • [学会発表] 先天性サイトメガロウイルス(CMV)感染の診断における新生児血中CMV-IgM、アンチゲネミア、CMV-DNAの意義2014

    • 著者名/発表者名
      森岡一朗、平久進也、出口雅士、蝦名康彦、山田秀人
    • 学会等名
      第66回日本産科婦人科学会学術集会
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2014-04-18 – 2014-04-20
  • [学会発表] The IgG avidity value for the prediction of congenital cytomegalovirus infection in a prospective cohort study2014

    • 著者名/発表者名
      Satoshi Nagamata, Yasuhiko Ebina, Toshio Minematsu, Ayako Sonoyama, Ichiro Morioka, Shinya Tairaku, Kenji Tanimura, Mayumi Morizane, Masashi Deguchi, Hideto Yamada
    • 学会等名
      第66回日本産科婦人科学会学術集会
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2014-04-18 – 2014-04-20
  • [学会発表] 近年日本における母子感染の実態2014

    • 著者名/発表者名
      平久進也、森岡一朗、蝦名康彦、長又哲史、園山綾子、谷村憲司、出口雅士、山田秀人
    • 学会等名
      第66回日本産科婦人科学会学術集会
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2014-04-18 – 2014-04-20
  • [学会発表] 急速なIgG Avidity index上昇はサイトメガロウイルス先天性感染の発生予知因子である2014

    • 著者名/発表者名
      市橋さなえ、蝦名康彦、平久進也、出口雅士、森岡一朗、谷村憲司、峰松俊夫、山田秀人
    • 学会等名
      第66回日本産科婦人科学会学術集会
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2014-04-18 – 2014-04-20
  • [学会発表] IgG AvidityとPCR法を用いたサイトメガロウイルス妊婦スクリーニング2014

    • 著者名/発表者名
      笹川勇樹、蝦名康彦、長又哲史、園山綾子、伊勢由香里、森岡一朗、平久進也、谷村憲司、出口雅士、峰松俊夫、山田秀人
    • 学会等名
      第66回日本産科婦人科学会学術集会
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2014-04-18 – 2014-04-20
  • [図書] 今日の治療指針 2015年版―私はこう治療している、新生児敗血症・髄膜炎2015

    • 著者名/発表者名
      森岡一朗
    • 総ページ数
      2
    • 出版者
      医学書院
  • [図書] 小児科:パルボウイルスB19母子感染-全国産科施設を対象とした実態調査2015

    • 著者名/発表者名
      蝦名康彦、平久進也、森岡一朗、出口雅士、山田秀人
    • 総ページ数
      8
    • 出版者
      金原出版
  • [図書] Fetal & Neonatal Medicine:先天性サイトメガロウイルス感染症の診断・治療と新生児尿スクリーニング2015

    • 著者名/発表者名
      森岡一朗、西田浩輔、谷村憲司、山田秀人
    • 総ページ数
      4
    • 出版者
      メディカルレビュー社
  • [図書] Fetal & Neonatal Medicine:先天性サイトメガロウイルス感染の予防と胎児治療2015

    • 著者名/発表者名
      谷村憲司、森岡一朗、山田秀人
    • 総ページ数
      4
    • 出版者
      メディカルレビュー社
  • [図書] 感染対策ICTジャーナル:NICUにおけるMRSA感染対策-近年のMRSA動向を踏まえて2015

    • 著者名/発表者名
      森岡一朗
    • 総ページ数
      4
    • 出版者
      ヴァンメディカル
  • [図書] 小児疾患診療のための病態生理2 改訂第5版:母子感染症:先天性サイトメガロウイルス感染症を中心に2015

    • 著者名/発表者名
      岩谷壮太、森岡一朗
    • 総ページ数
      印刷中
    • 出版者
      東京医学社
  • [図書] ネオナタルケア2014年秋季増刊:新生児感染管理なるほどQ&A、アウトブレイクとはどういう状態を指すのでしょうか?また、「アウトブレイク」と思ったら、どう対応すればよいでしょうか?2014

    • 著者名/発表者名
      森岡一朗、八幡眞理子、吉田弘之
    • 総ページ数
      4
    • 出版者
      メディカ出版
  • [図書] 周産期医学44巻増刊号:周産期感染症、後天性サイトメガロウイルス感染症2014

    • 著者名/発表者名
      長坂美和子、森岡一朗
    • 総ページ数
      3
    • 出版者
      東京医学社
  • [図書] 周産期医学44巻増刊号:周産期感染症、院内感染対策-MRSAに対する院内感染防止策2014

    • 著者名/発表者名
      森岡一朗、藤田花織
    • 総ページ数
      4
    • 出版者
      東京医学社
  • [図書] 周産期医学44巻増刊号:周産期感染症、MRSA感染症2014

    • 著者名/発表者名
      岩谷壮太、森岡一朗
    • 総ページ数
      3
    • 出版者
      東京医学社
  • [図書] 周産期医学44巻増刊号:周産期感染症、抗ウイルス薬、抗真菌薬、抗原虫薬の選択2014

    • 著者名/発表者名
      香田 翼、森岡一朗
    • 総ページ数
      3
    • 出版者
      東京医学社
  • [備考] 神戸大学大学院医学研究科内科系講座小児科学分野ホームページ

    • URL

      http://www.med.kobe-u.ac.jp/pediat/

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公開日: 2016-05-27  

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