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本研究は胸腺上皮性腫瘍B3胸腺腫と胸腺癌の47万のCpGサイトのDNAメチル化を網羅的に解析し、特異的なメチル化CpGサイトを同定し、B3と胸腺癌のepigeneticな違いを明らかにするとともに、胸腺上皮性腫瘍の発癌過程に関わるメチル化遺伝子を同定することを目的としている。B3胸腺腫が8例、胸腺癌（扁平上皮癌）8例、神経内分泌腫瘍（NET）3例の計19例のDNA/RNAを手術標本から抽出した。Bisulfite処理を行い、infinium methylation assayをおこなった。統計処理を行うと、RASSF1遺伝子はNETにおいて有意にDNAメチル化が胸腺癌・胸腺腫に比較して高度であった。それぞれのDNAメチル化はNET70.9±4.9%、胸腺癌22.2±20.0%、B3胸腺腫14.3±12.3%であった。（NET vs Cancer/B3 t-test：P<0.00001)。pyrosequence法でもvalidationを行い、NETでは24.0±13.1%、扁平上皮癌では3.0±0.5%、B3胸腺腫では3.0±0.9%とmethylation assayと同様の結果であった。Real time RT-PCRでmRNAの発現を確認したところ、正常胸腺との比率ではNETは0.48±0.31、胸腺扁平上皮癌は1.02±0.82、B3胸腺腫では2.13±2.93であった。 ( NET vs Carcinoma/B3 t-test：P=0.16)と有意差はでなかったもののmRNAの発現は低下傾向にあった。免疫染色でRASSF1の蛋白発現抑制率を検討すると、NETでは66% 、 扁平上皮癌では50%、B3胸腺腫では 14%であり、RASSF1の蛋白発現が抑制されていた。胸腺神経内分泌腫瘍において、癌抑制遺伝子であるRASSF1のDNAメチル化は特異的な変化であると考えられる。
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