| 研究課題/領域番号 |
26462605
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| 研究機関 | 神戸大学 |
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研究代表者 |
清田 尚臣 神戸大学, 医学部附属病院, 助教 (40515037)
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| 研究期間 (年度) |
2014-04-01 – 2017-03-31
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| キーワード | 唾液腺導管癌 / 唾液腺腺癌 / 次世代シークエンサー |
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| 研究実績の概要 |
平成27年度は、前年度の唾液腺導管癌（SDC 15例）及び唾液腺腺癌（ANOS 15例）について予定通り免疫組織化学的検討は終了していたため、それぞれの検体からのDNA抽出および次世代シークエンサー（NGS）を用いた網羅的遺伝子解析に取り掛かった。
しかし、SDC及びANOSの未染色標本からのDNA抽出作業が困難を極めた。このため、平成27年度中にDNA抽出作業及びNGSの実施体制を見直すこととした。
具体的には、これまでもDNA抽出作業などについて相談・研修させて頂いていた、本分野で非常に実績のある近畿大学医学部ゲノム生物学教室との連携を開始した。まず、当院で作成したSDC及びANOSの未染色標本を用いたDNA抽出及びNGS解析を近畿大学医学部ゲノム生物学教室に解析を依頼することとした。本作業を近畿大学医学部ゲノム生物学教室において実施して頂くにあたり、近畿大学医学部遺伝子倫理審査委員会において本解析を行うことについて平成28年2月25日付けで本件の承認が得られた。
この研究実施体制が再構築の結果、SDC及びANOSのDNA抽出作業は平成27年度中に終了した。また、NGSについては50遺伝子のhotspot検索に加えて、Focused panel ((ESR1, ESR2, AR, PGR, EGFR, ERBB2, KIT)をカスタマイズして作成し、これが平成28年度中に実施できる体制となった。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
3: やや遅れている
理由
平成27年度は、DNA抽出及び次世代シークエンサー（NGS）を用いた網羅的遺伝子解析まで行う予定であった。しかし、前述の通り当研究室でのDNA抽出ができず、NGS解析も行えなかった。
このため、本研究分野で実績のある近畿大学医学部ゲノム生物学教室において、DNA抽出及びNGS解析を行うことを依頼した。それに当たって近畿大学医学部遺伝子倫理審査委員会で審査頂き、平成28年2月25日付けで本件の承認が得られた。
この結果、平成27年度中にSDC及びANOSのペア検体からのDNA抽出は終了した。そして、平成28年度中にNGS解析を終了させるために、NGSにて50遺伝子のhotspot検索に加えてFocused panel ((ESR1, ESR2, AR, PGR, EGFR, ERBB2, KIT)をカスタマイズし、平成28年度中にSDC及びANOSのNGS解析を終了させられる体制となった。
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| 今後の研究の推進方策 |
平成27年度は上述の通り、研究実施体制の再整備を行い、近畿大学医学部ゲノム生物学教室においてDNA抽出までは終了した。今後は、依頼したペア検体を用いたNGS解析の結果が判明次第、既に終了しているSDC及びANOSの免疫組織化学的染色結果とを分析し、SDC及びANOSに共通する遺伝子変化を見出せるように研究を進めていく予定である。
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| 次年度使用額が生じた理由 |
実績報告に記載したとおり、平成27年度に終了予定であったNGS解析を行えなかったことが次年度使用額が生じた理由です。
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| 次年度使用額の使用計画 |
このため、平成28年度は27年度に行う予定であった、近畿大学医学部ゲノム生物学教室においてNGS解析を行うのに必要な実験器具や試薬の購入に主に使用すると共に、最終解析の報告に必要な予算として用います。
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