• 研究課題をさがす
  • 研究者をさがす
  • KAKENの使い方
  1. 課題ページに戻る

2015 年度 実施状況報告書

会議録を活用した病理学的ファクトデータベースの構築と利用法に関する研究

研究課題

研究課題/領域番号 26540171
研究機関日本大学

研究代表者

中西 陽子  日本大学, 医学部, 助教 (90366592)

研究期間 (年度) 2014-04-01 – 2017-03-31
キーワードファクトデータベース / 病理学 / 会議録 / ソーシャルネットワーク
研究実績の概要

目的:病理学的検査部門の内容は患者を適切に診断し、治療へと導くための重要度が増している。しかし、専門的情報は内容が多岐にわたる上、更新が早く、多対多の関係を示すため集約困難となっている。そこで、本研究は、学会報告を活用した随時更新可能な病理学的ファクトデータベースを構築し、新しい癌の診断、治療に呼応する病理検査支援のための具体的な二次利用の方法を提案することを目的として、データ源として一過性ではあるが速報性に優れた学会報告の活用を試みるものである。
研究対象は、JSP総会抄録集であるJSP会誌第89巻(2000)から第102巻(2013)に掲載されている抄録計約19,700件より、比較的安定した発表数で推移している乳癌研究とした。
方法:本年度は、これまでに電子化した274件の抄録のテキスト解析を行った。言語解析の精度や効率に関する1年目の検討結果を踏まえて、今年度の解析では、MeCabを基本としたソーシャルメディア解析ツールであるSocial Insghit (ユーザーローカル) を導入し、解析を行った。
結果と考察:今回対象とした、日本病理学会での乳癌に関する発表抄録数は一年平均で34.3件、これらより抽出された単語数は、平均約5,020語、1抄録当たり約146語であった。これらの用語の関係をワードクラウドで解析すると、各年度の学会で注目度の高かった解析方法や解析の目的が浮き出され、傾向の年次変化が視覚的に示された。また、共起ネットワークによる解析では、頻度の高い用語間の関係が視覚的に見出された。しかし、実際の病理学的検査方法は多岐にわたるため、より具体的な用語は、全体における出現頻度が低くなり相互関係の解析が困難となっていることも示された。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

3: やや遅れている

理由

研究では、データ源として一過性ではあるが速報性に優れた学会報告の活用を試みるため学会抄録のテキスト解析を計画していた。しかし現在、日本病理学会 (JSP) 抄録集はデータベース化されておらず、まず冊子体のテキスト化から検索および解析可能なデータ源とすることが必要であった。JSP会誌は約600頁から成り、1頁に6抄録が掲載され文字も2.5mm送りと細かい上、図書館より裁断許可が得られなかったため、テキスト化方法の検討が必要となった。また、本研究ではファクトデータベースのデータとしての各ワードの重要性が高いため、文字認識率についての検討は不可欠であった。初年度の検討で、現在可能な最も精度の高い電子化方法が示されたが、確認、修正は不可欠であり、効率化が進まなかったのが大きな一因であった。
しかしながら、前年度の検討では、テキスト解析を行う際にも専門用語の抽出精度に問題が見られたが、今年度の検討の結果、本研究でテキスト解析を行う目的で採用したソーシャルネット解析ツールは、本研究の対象としている専門分野の内容であっても高精度に単語を抽出し、関係を適切に解析可能であることが確認された。ただし、最も関係を明らかにしたい具体的な用語については、詳細であることから全体としての出現頻度は低くなり、頻度やスコアの高い単語を中心とした自動解析の対象から外れてしまう問題点も明らかとなった。

今後の研究の推進方策

本研究は、学会報告を活用した随時更新可能な病理学的ファクトデータベースを構築し、新しい癌の診断、治療に呼応する病理検査支援のための具体的な二次利用の方法を提案することを目的として、データ源として一過性ではあるが速報性に優れた学会報告の活用を試みるものである。本研究では、学会抄録に出現する単語を、ソーシャルネットワーク解析の原理を用いて解析し、単語の相互関係を視覚的に見出すことを試みてきたが、これまでの検討の結果、その可能性と、視覚化された結果の妥当性が示された。
今後の方策として、まずは、今年度に明らかとなった問題点である、自動解析から漏れてしまうような全体から見た出現頻度は低いが、専門的内容としてはキーとなる具体的な単語をどのように組み込み、表現していくかという問題点を解決することが挙げられる。詳細な内容までを含めての視覚化を目指し、そのうえで、これらの単語の相互関係が含まれる各抄録への回帰方法についての検討を進め、病理学的ファクトデータベース構築のための基本骨格を具体化していく予定である。

次年度使用額が生じた理由

今年度、データ解析のための統計解析ソフトウエアを購入したが、実際に必要な機能を使用するためにはオプションの購入が必要であることが購入後にわかった。しかしながら、予算が若干不足であったために、次年度でのオプション購入への追加予算として残した。

次年度使用額の使用計画

今年度に購入した統計解析ソフトウエアに、必要な機能を拡充するためのオプション購入に使用する予定である。

  • 研究成果

    (3件)

すべて 2015

すべて 学会発表 (3件) (うち招待講演 2件)

  • [学会発表] 骨軟部腫瘍組織を用いた融合遺伝子検査自動化の検討2015

    • 著者名/発表者名
      中西陽子、関 利美、廣谷ゆかり、大荷澄江、楠美嘉晃、 大幸英至、吉田行弘、徳橋泰明、山舘周恒、杉谷雅彦
    • 学会等名
      日本臨床検査自動化学会第47回大会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜(神奈川県横浜市)
    • 年月日
      2015-10-08 – 2015-10-10
  • [学会発表] レーザーマイクロダイセクション法 を用いた微量なFFPE肺生検からの 分子形態学的アプローチ2015

    • 著者名/発表者名
      中西陽子、根本則道、逸見明博
    • 学会等名
      第47回日本臨床分子形態学会総会・学術集会
    • 発表場所
      長崎大学医学部良順会館(長崎県長崎市)
    • 年月日
      2015-09-18 – 2015-09-19
    • 招待講演
  • [学会発表] LBC検体の標本作製と応用 遺伝子解析への応用2015

    • 著者名/発表者名
      中西陽子、関 利美、廣谷ゆかり、鈴木淳子、坂本麻菜美、楠美嘉晃、逸見明博、増田しのぶ、杉谷雅彦、根本則道
    • 学会等名
      第56回日本臨床細胞学会総会
    • 発表場所
      くにびきメッセ・松江テルサ(島根県松江市)
    • 年月日
      2015-06-13 – 2015-06-14
    • 招待講演

URL: 

公開日: 2017-01-06  

サービス概要 検索マニュアル よくある質問 お知らせ 利用規程 科研費による研究の帰属

Powered by NII kakenhi