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放射線や抗がん剤などのDNA損傷因子はゲノムに損傷を誘発するが，ゲノム全体にわたる損傷の初期分布や部位ごとの修復効率の違いは明らかにされていない。本研究では，DNA-タンパク質クロスリンク（DPC）損傷に注目し，DPC形成部位と頻度をゲノム全体にわたり高分解能にマッピングし，クロマチン構造等との関連を解析する。これまでに，モデルDNAを用いてDPCを含むDNA断片を濃縮する方法を検討した。DPCタンパク質にタグを付加するために用いるNHS-biotinのリンカーサイズならびにpull downに用いるアビジンビーズの種類を変えることにより，DNAの回収率を向上することができた。本年度は，X線照射した細胞から回収したDNAを用いて，DPCを含むDNA断片が濃縮されているか検討した。塩化セシウム密度勾配超遠心により精製したDNAをNHS-biotinで標識後，制限酵素により断片化し，アビジンビーズでpull downした。DNAをアビジンビーズから遊離させ回収し，DNAを定量した。アビジンビーズでpull downされたDNA量は，X線照射した常酸素細胞より低酸素細胞の方が多かった。この傾向は，既に知られているDPC生成の酸素濃度依存性と一致した。さらに，回収したDNAを原子間力顕微鏡で観察し，DNA繊維上にクロスタンパク質があることが確認された。回収したDNA断片にアダプターDNAを付加しPCR増幅を行い，塩基配列決定に向けた準備を行っている。
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