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2015 年度 実績報告書

天然型SS結合を有する分子量1万の最小レポータ蛋白質の大腸菌を用いた改変

研究課題

研究課題/領域番号 26560432
研究機関東京農工大学

研究代表者

黒田 裕  東京農工大学, 工学(系)研究科(研究院), 准教授 (10312240)

研究期間 (年度) 2014-04-01 – 2016-03-31
キーワード蛋白質工学 / 生物活性物質の探索 / SS結合 / 探索法 / ランダム変異 / VanX / 溶菌 / 生物発光
研究実績の概要

ガウシア・ルシフェラーゼ(以下GLuc;168残基)は、優れた最小のレポータ蛋白質となる可能性を秘めている。しかし、5本のSS結合を有するGLucの発現・精製は難しく、その構造は未知であるうえ、レポータ蛋白質としての応用も遅れている。本計画で以下の成果を得た。
1)本研究に用いることを当初予定していたGLucのN末端ドメイン(GLucの1-97残基;以下、GLucN)が弱い発光活性を有することを26年度に確認した。その後、様々な工夫を行ったにもかかわらず、発光活性は向上せず、大腸菌を宿主として発現したGLucNの収率も悪かった。その結果、GLucNの代わりに全長GLucを対象として本計画を実施することを決定した。
2)27年度には、ランダム・プライマーを用いてGLuc配列中に変異を導入し、発光波長が野生型と異なる変異体を探索(スクリーニング)した。スクリーニングには、研究代表者が先行研究で解明したVanX酵素による大腸菌の自己溶菌効果を用いた。VanXの溶菌効果を用いることで、GLucを菌体内からマイルドに抽出し、未精製状態で、培地中でスクリーニングすることを可能にした。その結果、最大発光ピークの波長が5nmレッドシフトした変異体を複数同定することに成功した。
3)最後に、核磁気共鳴法(NMR)を用いて全長GLucの構造解析を開始した。現在までに15N・13C標識したGLucを0.5mg精製し、NMR(核磁気共鳴法)測定を行った結果、主鎖原子の7割の帰属と二次構造の同定ができた。近い将来、GLucの構造を初めて明らかにできると期待する。

  • 研究成果

    (16件)

すべて 2016 2015

すべて 雑誌論文 (5件) (うち国際共著 2件、 査読あり 4件、 謝辞記載あり 2件) 学会発表 (11件) (うち国際学会 1件、 招待講演 4件)

  • [雑誌論文] A novel screening system based on VanX mediated autolysis - application to Gaussia luciferase2016

    • 著者名/発表者名
      Wu Nan, Kamioka Tetsuya, Kuroda Yutaka
    • 雑誌名

      Biotechnol Bioeng

      巻: 印刷中 ページ: 印刷中

    • DOI

      10.1002/bit.25910

    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Structural and biophysical analysis of sero-specific immune responses using epitope grafted Dengue ED3 mutants2015

    • 著者名/発表者名
      Kulkarni R Manjiri, Islam M Mohammad, Numoto Nobutaka, Elahi Montasir, Mahib R Mamunur, Ito Nobutoshi, Kuroda Yutaka
    • 雑誌名

      Biochim Biophys Acta

      巻: 1854 ページ: 1438-43

    • DOI

      10.1016/j.bbapap.2015.07.004.

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Analysis and Control of Protein Crystallization Using Short Peptide Tags That Change Solubility without Affecting StructureThermal Stability, and Function2015

    • 著者名/発表者名
      Mohammad M Islam, Shigeyoshi Nakamura, Keiichi Noguchi, Masafumi Yohda, Shun-ichi Kidokoro, and Yutaka Kuroda
    • 雑誌名

      Crystal Growth & Design

      巻: 15 (6) ページ: 2703-11

    • DOI

      10.1021/acs.cgd.5b00010

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Bacterial expression and re-engineering of Gaussia princeps luciferase and its use as a reporter protein2015

    • 著者名/発表者名
      Wu Nan, Rathnayaka Tharangani, Kuroda Yutaka
    • 雑誌名

      Biochim Biophys Acta

      巻: 1854 ページ: 1392-9

    • DOI

      10.1016/j.bbapap.2015.05.008.

    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] 蛍光セルフクエンチを用いたアモルファス凝集形成機構の解析2015

    • 著者名/発表者名
      如澤浩樹, 座古保, 前田瑞夫, 千葉一裕, 黒田裕
    • 雑誌名

      月刊バイオインダストリー(シーエムシー出版)

      巻: 9月号 ページ: 36-41

  • [学会発表] Plant-PrAS: a database of physicochemical and structural properties and the comparative analysis in plant proteomes2016

    • 著者名/発表者名
      Atsushi Kurotani, Alexander Tokmakov, Yutaka Kuroda, Kazuo Shinozaki, Tetsuya Sakurai
    • 学会等名
      第57回植物生理学会年会
    • 発表場所
      岩手大学上田キャンパス(岩手県盛岡市)
    • 年月日
      2016-03-18
  • [学会発表] ペプチド溶解性の分子動力学シミュレーション2016

    • 著者名/発表者名
      黒田 裕
    • 学会等名
      第5回日本生物物理学会関東支部会
    • 発表場所
      (財)桐生地域地場産業振興センター(群馬県桐生市)
    • 年月日
      2016-03-10 – 2016-03-11
    • 招待講演
  • [学会発表] 分子動力学シミュレーションを用いたタンパク質・ペプチドの溶解性解析2016

    • 著者名/発表者名
      黒田 裕
    • 学会等名
      大阪大学蛋白室研究所セミナー「構造を基盤とする蛋白質科学における未解決問題」
    • 発表場所
      東京大学先端科学技術研究センター(東京都目黒区)
    • 年月日
      2016-03-01 – 2016-03-02
    • 招待講演
  • [学会発表] Modeling and experimental assessment of buried Leu-Ile mutation in DEN4 ED32016

    • 著者名/発表者名
      Kulkarni Manjiri Ravindra, Nobutaka Numoto, Nobutoshi Ito, Yutaka Kuroda
    • 学会等名
      大阪大学蛋白室研究所セミナー「構造を基盤とする蛋白質科学における未解決問題」
    • 発表場所
      東京大学先端科学技術研究センター(東京都目黒区)
    • 年月日
      2016-03-01 – 2016-03-02
  • [学会発表] 格子モデルを用いたタンパク質凝集のシミュレーション2016

    • 著者名/発表者名
      河村 直樹, 鈴木 涼祐, 黒田 裕
    • 学会等名
      大阪大学蛋白室研究所セミナー「構造を基盤とする蛋白質科学における未解決問題」
    • 発表場所
      東京大学先端科学技術研究センター(東京都目黒区)
    • 年月日
      2016-03-01 – 2016-03-02
  • [学会発表] 機械学習法SVMを用いたヘリカルリンカー予測機H-DROP2016

    • 著者名/発表者名
      井出 宗一郎, Tambi Richa, 鈴木 涼祐, 蝦名 鉄平, 黒田 裕
    • 学会等名
      大阪大学蛋白室研究所セミナー「構造を基盤とする蛋白質科学における未解決問題」
    • 発表場所
      東京大学先端科学技術研究センター(東京都目黒区)
    • 年月日
      2016-03-01 – 2016-03-02
  • [学会発表] 全原子 MD シミュレーションによるアラニンスキャニング変異を導入したアミロイド形成ペプチドの凝集解析2015

    • 著者名/発表者名
      小須田 慧司, 末永 敦, 森本 元太郎, 泰地 真弘人, 黒田 裕
    • 学会等名
      第53回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      金沢大学角間キャンパス(石川県金沢市)
    • 年月日
      2015-09-13 – 2015-09-15
  • [学会発表] 多数ペプチドから成る系の全原子分子動力学シミュレーションによるペプチド溶解性2015

    • 著者名/発表者名
      黒田 裕, 佐藤 雄士, 末永 敦, 泰地 真弘人
    • 学会等名
      第53回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      金沢大学角間キャンパス(石川県金沢市)
    • 年月日
      2015-09-13 – 2015-09-15
  • [学会発表] Control of protein aggregation and oligomerization using short SEP (Solubility Enhancing Peptide) tags2015

    • 著者名/発表者名
      Kabir Md. Golam, Islam Mohammmad Monirul, 黒田 裕
    • 学会等名
      第53回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      金沢大学角間キャンパス(石川県金沢市)
    • 年月日
      2015-09-13 – 2015-09-15
  • [学会発表] Accelerated H-DROP: An SVM based Helical Domain linker pRedictor trained with OPtimized features2015

    • 著者名/発表者名
      Tambi Richa, Ide Soichiro, Suzuki Ryosuke, Ebina Teppei, Kuroda Yutaka
    • 学会等名
      第53回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      金沢大学角間キャンパス(石川県金沢市)
    • 年月日
      2015-09-13 – 2015-09-15
    • 招待講演
  • [学会発表] Peptides solubility estimated by all-atom molecular dynamics simulation of multipeptide systems concur with experimental values2015

    • 著者名/発表者名
      Yutaka Kuroda
    • 学会等名
      IUPAC 45th World Chemistry Congress
    • 発表場所
      釜山(韓国)
    • 年月日
      2015-08-07 – 2015-08-15
    • 国際学会 / 招待講演

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公開日: 2017-01-06  

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