| 研究課題/領域番号 |
26600154
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| 研究機関 | 慶應義塾大学 |
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研究代表者 |
三上 益弘 慶應義塾大学, 理工学研究科(矢上), 特任教授 (50358074)
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| 研究分担者 |
秋元 琢磨 慶應義塾大学, 理工学研究科(矢上), 特任講師 (30454044)
泰岡 顕治 慶應義塾大学, 理工学部(矢上), 教授 (40306874)
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| 研究期間 (年度) |
2014-04-01 – 2017-03-31
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| キーワード | リガンド / 受容体 / 分子間相互作用 / ハイブリッド法 / 分子動力学法 / 粗視化モデル / 古典密度汎関数法 / 統計熱力学 |
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| 研究実績の概要 |
本提案では、原子モデルに基づいた分子シミュレーションに比べて、桁違いのサイズを扱える古典密度汎関数に基づいた溶媒中でのリガンド-受容体相互作用の高精度な統計熱力学モデルを開発し、その本質の解明を目指している。三年度は、1. 粗視化モデルを用いたインフルエンザの機構解明、2. 溶媒中における古典密度汎関数法と分子動力学法のハイブリッド法の検討、3. 生物環境を考慮した大規模系のリガンド-受容体相互作用の高精度統計熱力学モデルの検討を行った。
1. 粗視化モデルを用いたインフルエンザの機構解明:これまで検討してきた脂質分子・蛋白質分子・糖鎖分子を扱える粗視化モデルであるMARTINIを、今年度は、水溶媒中における脂質分子(DPPC)/糖鎖分子(GM3)系とインフルエンザウイルスのリガンドであるヘマグルチニン(HA)に適用し、鳥インフルエンザウイルスのヒト細胞への感染機構を研究した。
2. 溶媒中における古典密度汎関数法と分子動力学法のハイブリッド法の開発:蛋白質分子(HA)/脂質分子(DPPC)/糖鎖分子(GM3)系は、水溶液中に存在する大規模系である。本系を扱えるようにするため古典密度汎関数に基づいた溶媒中でのリガンド-受容体相互作用の高精度な統計熱力学モデルを開発する。今年度は、前年度に引き続き古典密度汎関数と分子動力学法のハイブリッド法の方法論を構築した。
3. 生物環境を考慮した大規模系のリガンド-受容体相互作用の高精度統計熱力学モデル:Hard Body-Hard Body、Hard Body-粗視化粒子の相互作用計算法の検討を行い、現実的な生物環境を考慮した大規模系のリガンド-受容体相互作用の高精度統計熱力学モデルを構築した。
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