• 研究課題をさがす
  • 研究者をさがす
  • KAKENの使い方
  1. 課題ページに戻る

2014 年度 実施状況報告書

ゲノム動力学による転写制御機構の解明

研究課題

研究課題/領域番号 26610130
研究機関名古屋大学

研究代表者

笹井 理生  名古屋大学, 工学(系)研究科(研究院), 教授 (30178628)

研究期間 (年度) 2014-04-01 – 2017-03-31
キーワードクロマチン / ゲノム / 分子動力学計算 / 転写制御
研究実績の概要

ゲノム動力学による転写制御機構の解明を行うため、ヒトのリンパ芽球様細胞の核内ゲノムの立体構造を計算する理論モデル構築に向けて研究を行った。このモデルでは、3C拡張法(Hi-C法、TCC法)実験によって得られるゲノム2点間の物理的な接触頻度データをもとに、ヒトの2倍体細胞核内の染色体すべての立体構造を計算する。この計算では、2倍体細胞の相同染色体ペアにおけるそれぞれの染色体のHi-Cデータへの寄与を理論的に分離する必要が生じるため、新しい理論的方法を開発しなければならない。26年度は、100ないし1000個の構造のアンサンブルをシミュレートし、計算される平均接触頻度が実験と一致するようにアンサンブルに含まれる構造をモンテカルロ計算によって変形させた。その結果を用いて相同染色体ペア間の相互作用を自己無撞着に分離する方法を分析し、2つのX染色体が互いに異なる構造をとるなど、実験と整合的な結果を得た。
また、酵母ゲノムモデルをさらに発展させ、実験データのバイアスを取り除くための標準化法を用いた統計的処理を行うことによるシミュレーション結果への影響を分析した。核内に遺伝子が運動する空間範囲と遺伝子活性との相関について興味深い結果を得て、論文にまとめる準備を行った。
27年度には、26年度に開発したヒトゲノムモデル、酵母ゲノムモデルをさらに洗練し、蛍光分布測定、遺伝子発現データなど、実験データとの比較を行って、研究目的の実現を目指す。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

2倍対細胞の自己無撞着計算法を開発し、基礎となる実験データのバイアスを取り除く方法の分析など、研究目的を達成するための理論的方法の構築を行った。27年度以降は、この成果をもとに、具体的なモデル構築を推進することができる。

今後の研究の推進方策

27年度には、26年度に行った2倍対細胞の自己無撞着計算法、および実験データのバイアスを取り除く方法の開発を踏まえ、500kb程度以下の解像度を持つヒトゲノム動力学計算を実現させる。研究員の雇用により研究の推進をはかり、28年度には結果を整理して公表する。

次年度使用額が生じた理由

26年度に大学院生とともに構築したモデルをさらに発展させるため、27年度に研究員を雇用し、研究を加速させる必要が出てきた。

次年度使用額の使用計画

27年度に研究員を雇用するための費用として算入する。

  • 研究成果

    (6件)

すべて 2015 2014

すべて 学会発表 (5件) (うち招待講演 2件) 図書 (1件)

  • [学会発表] A coarse grained model of chromosomes based on the Hi-C data2014

    • 著者名/発表者名
      Naoko Tokuda, Shin Fujishiro, Masaki Sasai
    • 学会等名
      The 4D Nucleome 2014
    • 発表場所
      Hiroshima
    • 年月日
      2014-12-17 – 2014-12-20
  • [学会発表] Are there transcriptionally inactive regions localized in a budding yeast nucleus?2014

    • 著者名/発表者名
      Naoko Tokuda, Shin Fujishiro, Masaki Sasai
    • 学会等名
      第52回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      札幌
    • 年月日
      2014-09-25 – 2014-09-27
  • [学会発表] Computational chromosome conformation sampling of human diploid genome2014

    • 著者名/発表者名
      Shin Fujishiro, Naoko Tokuda, Masaki Sasai
    • 学会等名
      第52回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      札幌
    • 年月日
      2014-09-25 – 2014-09-27
  • [学会発表] ゲノム立体構造の動力学シミュレーション2014

    • 著者名/発表者名
      笹井理生、徳田直子、藤城新
    • 学会等名
      第14回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      横浜
    • 年月日
      2014-06-25 – 2014-06-27
    • 招待講演
  • [学会発表] Fluctuating genome structure and gene regulation2014

    • 著者名/発表者名
      Masaki Sasai, Naoko Tokuda, Shin Fujishiro
    • 学会等名
      8th IUPAP International Conference on Biological Physics
    • 発表場所
      Beijing
    • 年月日
      2014-06-18 – 2014-06-22
    • 招待講演
  • [図書] Chapter 21, Coarse-Grained Modeling of Biomolecules2015

    • 著者名/発表者名
      Naoko Tokuda, Masaki Sasai
    • 総ページ数
      20
    • 出版者
      Taylor & Francis Books

URL: 

公開日: 2016-05-27  

サービス概要 検索マニュアル よくある質問 お知らせ 利用規程 科研費による研究の帰属

Powered by NII kakenhi