発生初期の胚から生後の脳にわたってのDNAメチル化解析、胎生致死マウスからのiPS細胞株の樹立とキメラマウスの作製、及び単一神経細胞レベルでの遺伝子発現解析と形態解析を行うことで、DNAメチル化酵素Dnmt3b依存的な発生初期の差次的なDNAメチル化がプルキンエ細胞におけるクラスター型プロトカドヘリンの確率的な発現を制御し、樹状突起のパターン形成に関わっていることを世界に先駆けて明らかにした。さらに共同研究として、キメラマウスの脳におけるダブルホールセル記録を行うことで、大脳皮質の細胞系譜依存的な双方向性シナプス結合の形成にも発生期のエピジェネティック制御が関与していることを発見した。
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