| 研究課題/領域番号 |
26640141
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| 研究機関 | 三重大学 |
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研究代表者 |
白水 貴 三重大学, 生物資源学研究科, 助教 (10571789)
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| 研究分担者 |
森山 裕充 東京農工大学, (連合)農学研究科(研究院), 准教授 (20392673)
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| 研究期間 (年度) |
2014-04-01 – 2018-03-31
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| キーワード | マイコウイルス / 木材腐朽菌 / 多様性 / 機能 / ゲノム解読 |
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| 研究実績の概要 |
真菌類に感染するウイルス，マイコウイルスの未知の多様性と機能を明らかにすることを目的とし，主に木材腐朽菌から検出されたマイコウイルス由来と考えられる二本鎖RNAの塩基配列の解読を行った．10菌株より精製した二本鎖RNAを鋳型として合成したcDNAを用い，次世代シーケンサーにて塩基配列を解読したところ，2菌株に由来する二本鎖RNAからマイコウイルス由来と考えられるRdRp領域および未知のタンパク質をコードする領域の配列が得られた．これらの領域を対象としたプライマーを設計し，PCR後，サンガー法にてRdRp領域および未知のタンパク質をコードする領域の内部配列を決定した．サンガー法にて決定されたこれらの内部配列は次世代シーケンサ―にて得られた配列と両末端を除きほぼ一致していた．
これらの領域の全配列を決定するため，RACE法による末端配列の解読を行った．それぞれの領域の両末端150bp～200bpを対象としたプライマーを設計し，RACE法およびDNAクローニングにより末端配列の解読を試みたが，目的の配列を得ることができなかった．この原因特定のためBLAST検索の結果を参照したところ，様々な生物や遺伝子由来と考えられる配列が得られていたことが分かった．このことから，おそらく，RACE用に設計したプライマー配列が適切ではなかったことが原因と考えられる．現在は新たなプライマーを設計し，反応条件を検討しなおした上で，再度RACE法による末端配列の解読を試みている．
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
3: やや遅れている
理由
マイコウイルス由来と考えられるRdRp領域および未知のタンパク質をコードする領域の末端配列を決定するためRACE法を試みているが，おそらくプライマー配列が適切でなかったため，目的の配列（両末端配列）を決定することができなかった．
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| 今後の研究の推進方策 |
新たなプライマーを設計し再度RACE法を行うことで，マイコウイルス由来と考えられるRdRp領域および未知のタンパク質をコードする領域の全長配列を決定する．得られた配列情報を用いて系統推定および機能解析を行い，検出されたマイコウイルスの系統的位置づけと機能を推定する．
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| 次年度使用額が生じた理由 |
RACE法が当初の計画通り進まず，予定されていた実験を行えなかったため，次年度使用額が生じた．
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| 次年度使用額の使用計画 |
RACE法と塩基配列決定に必要な試薬や消耗品の購入に充てる．
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