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本研究では、申請者が開発したengineered DNA-binding molecule-mediated chromatin immunoprecipitation (enChIP) 法を用いて、分子間相互作用を保ったままmtDNAの転写調節領域を単離し、そこに結合している分子（蛋白質・RNA等）を網羅的に同定して、それらの分子がmtDNAからの遺伝子発現等の機能発現に果たす役割を解析することを計画した。こうした解析によって、mtDNAのクロマチン構造や転写制御機構の詳細を解明することを狙った。
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