研究実績の概要 |
本研究の目的は全ゲノム重複(Whole Genome Duplication, WGD)の直後に起きる大規模な遺伝子消失パターンを実験的に明らかにすることである。倍数体酵母を長期連続培養して生じた突然変異のパターンを調査し、申請者らの提案する仮説(量的均衡遺伝子の保持、遺伝子クラスターの保持)を検証するため、異質倍数体酵母としてSaccharomyces pastorianusおよびZygosaccharomyces rouxii ATCC 42981株を用いた。250世代まで培養した酵母をそれぞれ8株ずつのリシークエンスを行った。Hiseq2000由来のshort read配列を参照ゲノム配列にマッピングして、突然変異の生じた座位を網羅的に取得した。紫外線照射により効果的に突然変異が導入されており、1株あたり平均で165のヘテロ接合座位を得た。遺伝子クラスターの維持パターンを解析するため、複数の突然変異座位を有するPacBio由来のlong readを収集した。得られたデータを解析し、連続的な長い染色体領域(ハプロタイプ)の決定を行った。解析の完了した250世代目4株において得られたハプロタイプ数は多い株で20を超えた。
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