研究課題
本研究では、CpMinus1遺伝子の発現レベルを変動させた形質転換体の状態をRNAseqにより解析することで、性決定に対する貢献を評価すること、もう一つの未知性決定遺伝子であるCpMinus2を発見することを目的としている。本年度は、ヒメミカヅキモのヘテロ株のゲノム解読を進めるため、＋型、－型両性のゲノムについて、PacBioを用いて、ゲノム配列を決定した。しかし、現時点で、IlluminaのデータとPacBioのデータの両方を使用できるハイブリットアセンブラーの開発がされておらず、以前としてscaffoldサイズは小さいままとなった。しかしながら、－型細胞特異的なContigを、CpMinus1以外に１つ見いだしており、全長クローニングを行いつつ、CpMinus2となりうるかを今後検討する。CpMinus1については、cDNAをHSP70遺伝子プロモーターの下流で強制発現するようなコンストラクトを作製し、＋株に導入し6株の形質転換体を得ている。そのうち、2株は＋株と混合することで顕著に接合反応が進行し、－型との混合ではほとんど接合子を形成せず、あたかも－型細胞のような表現型を示したものの、残りの株では完全に性表現の転換は起こらなかった。遺伝子発現に用いたプロモーターが不適切であることが考えられてため、－型細胞のゲノム配列からCpMinus1遺伝子のプロモーターを含む領域を増幅し、新たな遺伝子導入用コンストラクトを作製した。CpMinus1を導入することで、あたかも＋型細胞のように振る舞うようになった１株を用いて、比較transcriptomeのためのデータを取得した。
2: おおむね順調に進展している
ゲノム解読については、相変わらずscaffold長がなかなか長くならず難航しているが、そんな中でもCpMinus2遺伝子候補を見いだすことには成功した。また、CpMinus1を導入した株について、比較Transcriptome解析を進めており、データ解析の準備まで進んでいる。全体としては、順調に推移していると思われる。
ゲノム解読については、PAC BioデータとIlluminaデータのハイブリットアセンブラーの開発を待つことになるが、CpMinus2遺伝子候補については、全長クローニングを行い、構造と機能を解析する。雌雄異株のオーストラリアシャジクモについて、株の状態がやや悪かったため、研究を中断していたが、新たに接合子から子孫株を単離し、比較RNAseqを行う。CpMinus1を導入することで、あたかも＋型細胞のように振る舞うようになった１株の比較transcriptome解析を進める。
ハイブリッドアセンブラーの開発が進んでいないこともあり、scaffold長がなかなか長くならず、CpMinus2遺伝子候補を見いだすことには成功したものの、さらなる解析には着手出来ずにいる。また、雌雄異株のオーストラリアシャジクモについて、株の状態がやや悪かったため、比較RNAseqに進めなかったことも一因である。そのため、当初予定した費用を次年度以降に使用することとした。
CpMinus2遺伝子候補の全長クローニングと機能解析、オーストラリアシャジクモの比較RNAseq解析などに用いる。
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Plant Cell Physiol.
巻: 印刷中 ページ: 印刷中
Phycologia
巻: 53 ページ: 571-578
http://dx.doi.org/10.2216/14-35R1.1
