| 研究課題/領域番号 |
26660129
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| 研究機関 | 秋田県立大学 |
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研究代表者 |
井上 みずき 秋田県立大学, 生物資源科学部, 助教 (80432342)
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| 研究分担者 |
鈴木 準一郎 首都大学東京, 理工学研究科, 准教授 (00291237)
陶山 佳久 東北大学, (連合)農学研究科(研究院), 准教授 (60282315)
蒔田 明史 秋田県立大学, 生物資源科学部, 教授 (60315596)
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| 研究期間 (年度) |
2014-04-01 – 2016-03-31
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| キーワード | NGS / SNPs / ササ / 齢 / クローナル植物 / GBS |
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| 研究実績の概要 |
植物の齢を推定することは難しい。特に、クローン成長によって新たなラメットを形成するクローナル植物の齢を特定することは、年輪数を数えるなどの方法も取れず、極めて困難であった。齢を推定する方法の１つとして、個体内の体細胞突然変異の数と多様性から算出する方法が注目されてきた。しかしながら、従来の遺伝子解析で得られる体細胞突然変異の情報量は少なく、推定精度は高いとは言えなかった。そこで、本研究では齢が概ね明らかなチシマザサ（ Sasa kulirensis ）を用いて、次世代シークエンサー（NGS）を利用した改変GBS法によって網羅的なSNPs情報を得えることで、高精度な齢の推定方法を確立することを目的とした。
十和田湖外輪山甲岳台より採取した齢の異なるチシマザサをSSR解析により個体識別を行い、解析に用いる個体を4つ選定した（18年生：3個体、80年生以上：1個体）。なお、GBS解析には同一個体内の異なるラメットから4～8試料/個体、計24試料を用いた。本研究では、より多くのシーケンスリードを得られるようにGBS法を改変し、TASSEL3.0 UNEAK pipelineおよびGBS-SNP-CROPを用いてSNPsの蓄積量および多様性を測定した。
共通座における個体内のSNPsの検出数には、齢や個体による差が認められなかったがSNPsの多様性は齢が古い個体でわずかに高いことが分かった。また、UPGMAから、古いジェネットの方が若いジェネットより分岐が深いことが明らかとなった。このことから、NGSで得られたSNPs情報が齢の推定に有用である可能性示唆された。今後、齢の異なるジェネットの数を増やすことで、Mutation clockを開発できるだろう。
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