| 研究課題/領域番号 |
26660170
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| 研究機関 | 東京海洋大学 |
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研究代表者 |
佐野 元彦 東京海洋大学, その他部局等, 教授 (00372053)
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| 研究分担者 |
近藤 秀裕 東京海洋大学, その他部局等, 准教授 (20314635)
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| 研究期間 (年度) |
2014-04-01 – 2017-03-31
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| キーワード | 海洋生態 / 海洋微生物 / ファージ / マリンゲノム / メタゲノム |
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| 研究実績の概要 |
ごく沿岸で行われる魚介類養殖では、微生物環境が極めて重要であることが知られているが、細菌に感染するウイルス（ファージ）が養殖微生物環境に影響を及ぼす影響についてはほとんど分かっていない。そこで、本研究では、クルマエビ養殖場を対象に、１）飼育水中の細菌とその感染ファージのDNAデータベースを構築し、２）飼育水等の細菌とその感染ファージの動態をサンプル中に含まれる全体のDNA配列、すなわちメタゲノムデータとして解析することから、沿岸海洋微生物生態系におけるファージの細菌叢への影響を解明することを目的とする。
平成27年度では、
1)昨年度分離した4株のファージの宿主特異性や増殖特性などの性状解明とゲノム配列を解読し、DNAデータベースを構築した。
2)培養した植物プランクトンを用いて、プランクトンからのDNA抽出法を再検討した結果、感度自体はあまり良くないものの、CTAB法の再現性が良いことが確認できた。
3)熊本県下のエビ養殖場を選定し、潮汐に合わせた1日2-3回の4日間連続的なサンプリングを行い、その試料からプランクトン、細菌、ウイルスをフィルター上に捕集し、DNA抽出を行った。次年度、次世代シーケンサーで解析を行い、本法がどの程度のプランクトン・細菌・ウイルスの変化を捉えられるか明らかにする。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
2: おおむね順調に進展している
理由
H27年度に計画した項目は概ね実施できた。計画通りファージのゲノムデータも取得でき、現在、遺伝子等の予測を行っている。プランクトンの検出については、抽出法が確認できた。本メタゲノムの測定法の解像度がどの程度あるのか、計画通りエビ養殖場で連続的なサンプリングを行うことができ、次年度には次世代シーケンサーでの分析とデータ解析を行う。
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| 今後の研究の推進方策 |
次年度が最終年度であることから、計画通り実験と解析を行い、所用の成果が得られるように推進する。いままでのデータのとりまとめを行い、エビ養殖場における細菌とファージの相互関係を明らかにし、とりまとめ成果として、国際データベースへのファージゲノム等の配列登録や学会発表、論文投稿を進める。
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| 次年度使用額が生じた理由 |
計画通り執行したが、試薬等の値引きなどにより最終的に若干の残額が生じた。
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| 次年度使用額の使用計画 |
試薬等消耗品に使用する。
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