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国際空港や港などで種判別を用いた検疫で野生動物の密輸密猟を未然に防ぐことが期待されている。現行ではその簡便，迅速，正確性の点で問題が残っている。種判別法のうち分子種判別法は検疫だけでなく，肉種偽装捜査にも適用されている。簡便，迅速，正確な種判別法の確立は社会貢献度も大きく，食の品質の観点からも新たな種判別法の確立は急務である。本研究は，全ゲノム情報から分子種判別に最適なDNA領域を確定し，PCR⇒電気泳動⇒染色⇒検出の一連の作業を簡略化，迅速かつ誤判定のない正確な分子種判別法を開発することを目的とした。
（1）ミトゲノム情報が報告されている動物の全ミトゲノム配列をアライメントし，特異性と共通性領域を明らかにした。さらにターキン，サイガ，シフゾウ等の全ミトゲノム配列を決定し，その特異性と共通性領域を明らかにすることを試みた。（２）DNAが断片化しているサンプルを想定しPCR産物の大きさを100bp以下となるようにPCR primerを設計した。（３）特異性と共通性領域情報からPCR primerを動物種毎に合成し，DNAクロマトグラフィであるPAS（printed-array-strip）を作製した。PCR産物の末端に付けたDNAタグと相補的なDNAタグをプリントした。（１）～（３）で作製したPCR primerでMultiplex-PCRを行い，電気泳動とPAS検出を実施した。本研究では家畜，野生動物およびヒト等14動物種についてミトゲノム情報をもとにそれぞれの種特異的PCR primerを作製し、Multiplex PCR，ゲル電気泳動法と同時にPAS検出を行った。本研究では種特異的PCR産物と共通PCR産物を得ることが，特に複数の肉種の混合物，加工，加熱された状態の悪いサンプルについても同様にでき，同時にPAS検出法においても同様の結果が得られた。本法は、検出方法が簡易でDNA増幅装置さえあれば検出を行うことができ、様々な現場での検出において非常に有効な方法である。
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