| 研究実績の概要 |
25人のアトピー性皮膚炎患者から同意の元で、皮膚（肘窩、背中など皮膚病変の強い部位）と鼻から綿棒で擦って細菌培養用とDNA回収用の２本を採取した。前者は通常の細菌培養検査を行い、Staphylococcusについては３コロニーを拾い順培養を行い、DNA抽出し、株レベルでの解析をPOT (PCR bsed-open reading frame typing) 法で行った。後者は直接DNA抽出し、16S rRNAの解析をMiSeq, Illumina 16S Library Preparation Workflowに則って行った。また、16S rRNA菌叢解析パイプライン QIIMEで解析した。
16S rRNA解析の結果、門レベルでは鼻腔でActinobacteria, Firmicutesが多く、皮膚ではFirmicutes, Proteobacteriaが多かった。また、属レベルでは、鼻腔ではCorynebacterium, Staphylococcusが、皮膚ではCorynebacteriumがStaphylococcus, Propionibacteriumが増えていた。これは、アトピー性皮膚炎としては納得できるデータであると考える。この病変部位である皮膚にいるStaphylococcusの特徴を調べるために株レベルでの解析を試み、その手段としてPOT法を選択した。その結果、各患者から得られた３株のStaphylococcusはほぼ同じものであったが、異なる株も含まれていた。また、それぞれの患者間では異なるPOT型が多かったが、患者内での鼻腔と皮膚では同じPOT型を示す株の組合せが多く認められた。ただし、全例ではなく、鼻腔と皮膚で異なる株の組合せも見られた。
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