卓上型次世代シーケンサーを用いた AMLの迅速かつ安価な予後予測システムの開発

2014 年度 実績報告書

• 研究課題/領域番号: 26670277
• 研究機関: 京都大学
• 研究代表者: 足立 壯一 京都大学, 医学(系)研究科(研究院), 教授 (10273450)
• 研究分担者: 嶋田 明 岡山大学, 大学病院, 講師 (70391836)
• 研究期間 (年度): 2014-04-01 – 2015-03-31
• キーワード: 遺伝子検査学 / 次世代シークエンサー / 予後因子 / AML

研究実績の概要

卓上型次世代シーケンサー（MiSeq, Ilumina）を用いて迅速かつ安価な予後予測システムの開発をめざし、白血病パネルの確立を試みた。
方法：急性骨髄性白血病（AML）の初発、寛解、再発検体よりDNAを常法通り抽出し、以後の検討に用いた。白血病パネルはAgilent社のHaloplex カスタマイズドパネルを用い、約150遺伝子を選定した。実際の解析は、卓上型次世代シーケンサー（MiSeq, Ilumina）を用い、現在8例のAML検体で検討が終了した。
症例１）非Down症のFAB-M7の初診時2歳の女児、OTT-MALやNUP98-NSD1, CBFA2T3-GLISなどのキメラ遺伝子は陰性だった。本解析で初発時と再発時検体からIKZF1 p.F154Y、KRAS p.G12A、GATA1 p.R270Wが検出された。症例２）初診時7歳男児、本例からはKRAS p.G12DがAllele frequency (AF) 0.46、p.G12AがAF 0.053みつかった。症例３）15歳男児　FAB-M2, 初診時、染色体異常inv(16)(p13.1q22)とFLT3-ITDを低率(AF 0.035)に認めた。本方法で、KIT p.D816Vが初診時検体で検出された。症例４）非Down症のFAB-M7の寛解導入不能な1歳女児例、OTT-MAL, NUP98-NSD1, CBFA2T3-GLISなどのキメラ遺伝子は陰性、本方法で転写因子のPU.1 p.G156Rが検出された。
残りの4例では初発と寛解期の検討で、point mutationは見つからなかったが、SH2B3とSMARCB2にlarge deletionがみつかり、現在解析中である。
考案：このパネルの利点はわずか225ngのDNAから解析可能、実際の解析は1-1.5日で終了、専用解析ソフトを用いるため、bioinfomaticsに詳しくない研究者でもデータ解析可能な点にある。1検体の解析費用は3万円程度と安く抑えられる点は有益であった。今後、AML診断後早期に、予後予測を可能とし、実臨床への応用も可能ではないかと考えられた。

研究成果

• [雑誌論文] Adverse Prognostic Impact of KIT Mutations in Childhood CBF-AML: the Results of the Japanese Pediatric Leukemia/Lymphoma Study Group AML-05 Trial. (2015)
  • 著者名/発表者名: Tokumasu M, Murata C, Shimada A, Ohki K, Hayashi Y, Saito AM, Fujimoto J, Horibe K, Nagao M, Itoh H, Kamikubo Y, Nakayama H, Kinoshita A, Tomizawa D, Taga1 T, Tawa A, Tanaka S, Heike T,and Adachi S
  • 雑誌名: Leukemia 巻: 未定 ページ: 未定
  • 査読あり
• [雑誌論文] High expression of EVI1 and MEL1 is a compelling poor prognostic marker of pediatric AML (2015)
  • 著者名/発表者名: Jo A, Mitani S, Shiba N, Hayashi Y, Hara Y, Takahashi H, Tsukimoto I, Tawa A, Horibe K, Tomizawa D, Taga T, Adachi S, Yoshida T, and Ichikawa H.
  • 雑誌名: Ｌｅｕｋｅｍｉａ 巻: 未定 ページ: 未定
  • DOI: 10.1038/leu.2015.5.
  • 査読あり
• [雑誌論文] EVI1 overexpression is a poor prognostic factor in pediatric patients with MLL-AF9 rearranged acute myeloid leukemia. (2014)
  • 著者名/発表者名: Matsuo H, Kajihara M, Tomizawa D, Watanabe T, Moriya Saito A, Fujimoto J, Horibe K, Kodama K, Tokumasu M, Itoh H, Nakayama H, Kinoshita A, Taga T, Tawa A, Taki T, Shiba N, Ohki K, Hayashi Y, Yamashita Y, Shimada A, Tanaka S, and Adachi S.
  • 雑誌名: Haematologica 巻: 99 ページ: e225-e227
  • DOI: 10.3324/haematol.2014.107128.
  • 査読あり
• [雑誌論文] Outcome of children with relapsed acute myeloid leukemia following initial therapy under the AML99 protocol. (2014)
  • 著者名/発表者名: Nakayama H, Tabuchi K, Tawa A, Tsukimoto I, Tsuchida M, Morimoto A, Yabe H, Horibe K, Hanada R, Imaizumi M, Hayashi Y, Hamamoto K, Kobayashi R, Kudo K, Shimada A, Miyamura T, Moritake H, Tomizawa D, Taga T, Adachi S.
  • 雑誌名: Int J Hematol 巻: 100 ページ: 171-179
  • DOI: 10.1007/s12185-014-1616-9.
  • 査読あり
• [雑誌論文] Prognostic implications of CEBPA mutations in pediatric acute myeloid leukemia: A report from the Japanese Pediatric Leukemia/Lymphoma Study Group. (2014)
  • 著者名/発表者名: Matsuo H, Kajihara M, Tomizawa D, Watanabe T, Moriya-Saito A, Fujimoto J, Horibe K, Kodama K, Tokumasu M, Itoh H, Nakayama N, Kinoshita A, Taga T, Tawa A, Taki T and Adachi S.
  • 雑誌名: Blood Cancer J 巻: 4 ページ: e226
  • DOI: 10.1038/bcj.2014.47.
  • 査読あり / オープンアクセス
• [学会発表] Poor prognosis associated with FAB subtypes M4 and M5 in Japanese pediatric acute myeloid leukemia patients with FLT3-ITD. (2014)
  • 著者名/発表者名: Hara Y, Shiba N, Ohki K, Park M-J, Shimada A, Tomizawa D, Saito AM, Fujimoto J, Taki T, Kinoshita A, Taga T, Arakawa H, Tawa A, Horibe K, Adachi S, Hayashi Y.
  • 学会等名: 56th Annual Meeting of the American Society of Hematology
  • 発表場所: San Francisco
  • 年月日: 2014-12-06 – 2014-12-09
• [学会発表] Clinical features of patients with ASXL1 and ASXL2 mutations in pediatric acute myeloid leukemia. (2014)
  • 著者名/発表者名: Yamato G, Shiba N, Yoshida K, Ohki K, Park M-J, Hara Y, Tomizawa D, Sotomatsu M, Taga T, Adachi S, Tawa A, Horibe K, Arakawa H, Ogawa S, Hayashi Y.
  • 学会等名: 56th Annual Meeting of the American Society of Hematology
  • 発表場所: San Francisco
  • 年月日: 2014-12-06 – 2014-12-09
• [学会発表] Pediatric acute megakaryoblastic leukemia without Down syndrome: a retrospective study by the International Berlin-Frankfurt-Munster Study Group (I-BFMSG). (2014)
  • 著者名/発表者名: Inaba H, Zhou Y, Abla O, Adachi S, Auvrignon A, Beverloo HB, de Bont E, Chang T-T, Creutzig U, Dastugue N, Dworzak M, Elitzur S, Fynn A, Forestier E, Hasle H, Liang D-C, Lee V, Locatelli F, Masetti R, De Moerloose B, Reinhardt D, Rodriguez L, Shen S, Taga T, Tomizawa D, Yeoh AEJ, Zimmermann M, Raimondi SC.
  • 学会等名: 56th Annual Meeting of the American Society of Hematology
  • 発表場所: San Francisco
  • 年月日: 2014-12-06 – 2014-12-09
• [学会発表] Pediatric AML with FLT3-ITD/WT, NUP98-NSD1, NPM1, and WT1 mutations affected the clinical outcome. (2014)
  • 著者名/発表者名: Shimada A, Yamashita Y, Tomizawa D, Shiba N, Tawa A, Watanabe T, Yokozawa T, Kudo K, Taga T, Iwamoto S, Terui K, Moritake H, Kinoshita A, Takahashi H, Nakayama H, Koh K, Goto H, Kosaka Y, Saito AM, Fujimoto J, Horibe K, Hara Y, Oki K, Hayashi Y, Adachi S.
  • 学会等名: 第76回日本血液学会総会
  • 発表場所: 大阪
  • 年月日: 2014-10-31 – 2014-11-02
• [学会発表] The prognostic impact of high EVI1-related genes expression in pediatric acute myeloid leukemia. (2014)
  • 著者名/発表者名: Shiba N, Hara Y, Ohki K, Yamato G, Park M-J, Kobayashi T, Ichikawa H, Tomizawa D, Taki T, Shimada A, Sotomatsu M, Arakawa H, Horibe K, Adachi S, Tawa A, Hayashi Y.
  • 学会等名: 第76回日本血液学会総会
  • 発表場所: 大阪
  • 年月日: 2014-10-31 – 2014-11-02