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2017 年度 実績報告書

Regulatory DNA conserved between Phyla

研究課題

研究課題/領域番号 26700030
研究機関国立研究開発法人産業技術総合研究所

研究代表者

Frith Martin  国立研究開発法人産業技術総合研究所, 情報・人間工学領域, 上級主任研究員 (40462832)

研究期間 (年度) 2014-04-01 – 2018-03-31
キーワードgenome
研究実績の概要

This year, several direct and indirect research outcomes were finalized and published. A survey of sequence rearrangements in human DNA was published in NAR. A simplified "child table" algorithm, for finding similar sequences, was published in IEEE/ACM TCBB. A method for detecting genome variations was published in BMC Medical Genomics. Our method for considering DNA neighbor-base preferences, which improves bacterial strain discrimination, was published in BMC Bioinformatics. Our analysis methods are proving useful for recent "long" DNA-read data.

現在までの達成度 (段落)

29年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

29年度が最終年度であるため、記入しない。

  • 研究成果

    (5件)

すべて 2018 2017 その他

すべて 雑誌論文 (4件) (うち国際共著 4件、 査読あり 4件、 オープンアクセス 4件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] EAGLE: Explicit Alternative Genome Likelihood Evaluator2018

    • 著者名/発表者名
      Kuo Tony、Frith Martin C.、Sese Jun、Horton Paul
    • 雑誌名

      BMC Medical Genomics

      巻: 11 ページ: 28~28

    • DOI

      10.1186/s12920-018-0342-1

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] A Simplified Description of Child Tables for Sequence Similarity Search2018

    • 著者名/発表者名
      Frith Martin、Shrestha Anish
    • 雑誌名

      IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics

      巻: - ページ: 1~1

    • DOI

      10.1109/TCBB.2018.2796064

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] A survey of localized sequence rearrangements in human DNA2017

    • 著者名/発表者名
      Frith Martin C、Khan Sofia
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research

      巻: 46 ページ: 1661~1673

    • DOI

      10.1093/nar/gkx1266

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Variable-order sequence modeling improves bacterial strain discrimination for Ion Torrent DNA reads2017

    • 著者名/発表者名
      Poulsen Thomas M.、Frith Martin
    • 雑誌名

      BMC Bioinformatics

      巻: 18 ページ: 299~299

    • DOI

      10.1186/s12859-017-1710-0

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [備考] local-rearrangements

    • URL

      https://github.com/mcfrith/local-rearrangements

URL: 

公開日: 2018-12-17  

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