大規模汎用生体モデル開発のための高性能シミュレーションクラウド

2016 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 26730035
• 研究種目: 若手研究(B)
• 配分区分: 基金
• 研究分野: ソフトウェア
• 研究機関: 大阪大学
• 研究代表者: 置田 真生 大阪大学, 情報科学研究科, 助教 (50563988)
• 研究期間 (年度): 2014-04-01 – 2017-03-31
• キーワード: 並列・分散処理 / 生体シミュレーション / 自動並列化

研究成果の概要

並列実行可能な汎用生体シミュレータFlintおよびそのクラウドサービスFlint K3の実行効率を改善し、超大規模な生体モデルのシミュレーションを実用的な実行時間で実現した。
具体的には、自動並列化に際して、2階層グラフ方式に基づく並列化効率の向上、負荷分散の改善、計算順序とデータレイアウトの最適化の3つの手法を開発した。
2,800万以上の連立常微分方程式からなる視覚野脳神経細胞モデルに対してシミュレーションを行い、並列化効率98.7%、速度向上27.4倍の性能を達成した。

自由記述の分野

並列ソフトウェア開発