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2014 年度 実施状況報告書

構造に基づく理論的手法による光合成蛋白質におけるプロトン移動機構の解明

研究課題

研究課題/領域番号 26800224
研究機関東京大学

研究代表者

斉藤 圭亮  東京大学, 先端科学技術研究センター, 助教 (20514516)

研究期間 (年度) 2014-04-01 – 2018-03-31
キーワード光合成 / 水分解 / プロトン移動 / 水素結合 / 光化学系II / 蛋白質 / 酸素発生
研究実績の概要

本研究の目的は,蛋白質内で起こるプロトン移動の機構を蛋白質構造に基づく理論計算によって解明するための手法を具体的に示し,実践することである.対象とする蛋白質として光合成光化学系II(PSII) を扱う.PSII は光エネルギーによる水分解反応を触媒する蛋白質であり,反応に伴って活性部位から水由来のプロトンが放出され蛋白質外部へと運ばれる.このプロトン移動を調べる.プロトンが,反応におけるどのタイミングで,どこからどこへ,どのような時間スケールで移動するのかを明らかにする.同時に,その機能を実現するために蛋白質環境のどの部分がどのように重要なのかを特定する.
初年度である平成26年度は次のことを行った.蛋白質におけるプロトン移動の特徴は,蛋白質内にがっちりと組まれた水素結合の中で起こることにある.PSIIにおける水分解触媒サイトの近くには複数の水分子が一直線上に連なった形をしている部分が存在する.この水分子の鎖は水分解で生じたプロトンが排出される経路である可能性がある.このような水分子の連なりが実際にプロトン経路かどうかを理論的に明らかにする計算方法を確立した:隣り合った水分子が持つ水素結合のすべてについてポテンシャル計算しそれを重ね合わせることで,プロトンが移動可能かどうかを判断することが出来ることが分かった.

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

3: やや遅れている

理由

研究代表者に異動があり研究場所が大阪大学から東京大学へと変更になった.それに伴い,研究室と計算機の移動と再セットアップに大きな手間がかかり,研究時間が予定より少なくなってしまったため.

今後の研究の推進方策

異動先の東京大学における研究環境は整ったので,今後は計画に基づいて研究を着実に進める.本年度の研究で水分子の鎖が実際にプロトン経路かどうかを理論手的に明らかにする計算方法を確立したので,今後はそれを水分解触媒サイトの近くの水に適用し,プロトン移動の経路かどうかを判別する.

次年度使用額が生じた理由

研究代表者に異動があり研究場所が大阪大学から東京大学へと変更になった.それに伴い,研究室と計算機の移動と再セットアップに大きな手間がかかり,研究時間が予定より少なくなった結果,研究の進捗がやや遅れているため.

次年度使用額の使用計画

次年度は研究の進捗の遅れを取り戻し,研究を加速させる計画である.これによりもともと次年度に必要分として計上していた予算と共に本年度使用予定だった予算を使用する予定である.

  • 研究成果

    (6件)

すべて 2015 2014

すべて 学会発表 (6件) (うち招待講演 3件)

  • [学会発表] 光合成光化学系IIにおけるMnCaクラスターの歪んだ椅子型構造の起源2015

    • 著者名/発表者名
      斉藤圭亮、石北央
    • 学会等名
      日本物理学第70回年次大会
    • 発表場所
      東京都新宿区
    • 年月日
      2015-03-21
  • [学会発表] 光合成光化学系IIにおけるMnCaクラスターの歪んだ椅子型構造の起源2015

    • 著者名/発表者名
      斉藤圭亮、石北央
    • 学会等名
      第56回日本植物生理学会年会
    • 発表場所
      東京都世田谷区
    • 年月日
      2015-03-16
  • [学会発表] 光合成蛋白質の中のクロロフィルのかたちと機能2015

    • 著者名/発表者名
      斉藤圭亮
    • 学会等名
      やわらか光受容分子の理解と利用に迫るブレインストーミング研究会
    • 発表場所
      岡山県瀬戸内市
    • 年月日
      2015-01-24 – 2015-01-25
    • 招待講演
  • [学会発表] 蛋白質におけるプロトン移動 ~短い水素結合の役割~2015

    • 著者名/発表者名
      斉藤圭亮
    • 学会等名
      生体分子系量子化学計算の最前線
    • 発表場所
      埼玉県和光市
    • 年月日
      2015-01-22
    • 招待講演
  • [学会発表] 光合成光化学系IIにおけるMnCaクラスターの歪んだ椅子型構造の起源2014

    • 著者名/発表者名
      斉藤圭亮、石北央
    • 学会等名
      第52回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      札幌市
    • 年月日
      2014-09-25
    • 招待講演
  • [学会発表] Proton Transfer Mechanisms in Photosystem II: Quinone Reduction and Tyrosine Radical Formation2014

    • 著者名/発表者名
      K. Saito, A. W. Rutherford, H. Ishikita
    • 学会等名
      Tokyo ATPase Workshop
    • 発表場所
      東京都文京区
    • 年月日
      2014-06-02

URL: 

公開日: 2016-06-01  

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